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grompp运行出错，求大神指教
运行步骤grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr
Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)
WARNING 1 :
&&6 non-matching atom names
&&atom names from mcl4.top will be used
&&atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored
Analysing residue names:
There are:& &152& & Protein residues
There are:& &&&1& && &Other residues
There are:&&7635& && &Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:& && & 0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data
There was 1 note
There was 1 warning
-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1584
Fatal error:
Too many warnings (1), grompp terminated.
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.
这是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件，mdp文件应该是没有问题的。
然后我加上-maxwarn之后再运行grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn
出现以下错误
Fatal error:
Expected an integer argument for option -maxwarn
我不知道该怎么改文件啊，求大神指点:cry::cry::cry:要疯了:cry::cry::cry:
mcl4-solv.jpg
如果你想忽略警告 -maxwarn还需要一个数值 它最多能忍受的警告值 默认为0 你要把它改成1 : Originally posted by dkgmx at
如果你想忽略警告 -maxwarn还需要一个数值 它最多能忍受的警告值 默认为0 你要把它改成1 可是关键是在哪里改还有肿么改捏:shuai::shuai::shuai:而且那两个文件不用改吗，虽然我不知道怎么改，但是警告好多啊:cry::cry::cry: : Originally posted by 水儿CoCo at
可是关键是在哪里改还有肿么改捏:shuai::shuai::shuai:而且那两个文件不用改吗，虽然我不知道怎么改，但是警告好多啊:cry::cry::cry:... grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1&&最后加个1& &继续往下做 看看会不会出现相关错误 不出错就没事 : Originally posted by dkgmx at
grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1&&最后加个1& &继续往下做 看看会不会出现相关错误 不出错就没事... 好了虽然还是有提示，但是能够运行得出结果，谢谢大神:arm::arm::arm:感动啊感动，小红花一朵~\(≧▽≦)/~啦啦啦
Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)
WARNING 1 :
&&6 non-matching atom names
&&atom names from mcl4.top will be used
&&atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored
Analysing residue names:
There are:& &152& & Protein residues
There are:& &&&1& && &Other residues
There are:&&7635& && &Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:& && & 0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data
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There was 1 warning 这里是H原子不对应。在PDB文件中的H原子和Top文件中的命名不对应。
在创建.top文件的时候，用pdb2gmx这个功能，需要在后面加上 -ignh （表示 ignore Hydrogen），等到后来Gromacs会自动添加H原子，不会出现这种错误。也可以用vim或者sed或者awk手动去掉PDB文件中的所以H原子，再进行下面的操作。 : Originally posted by astrozheng at
这里是H原子不对应。在PDB文件中的H原子和Top文件中的命名不对应。
在创建.top文件的时候，用pdb2gmx这个功能，需要在后面加上 -ignh （表示 ignore Hydrogen），等到后来Gromacs会自动添加H原子，不会出现这种错误 ... 我是加了忽略氢的那个选项的啊，不过后来修改了top文件然后就好了，谢谢你啦 : Originally posted by 水儿CoCo at
我是加了忽略氢的那个选项的啊，不过后来修改了top文件然后就好了，谢谢你啦... 我也是小分子模拟 会出现很多错误 请问你这些问题现在解决了吗 : Originally posted by huyingdamon at
我也是小分子模拟 会出现很多错误 请问你这些问题现在解决了吗... ( ⊙ o ⊙ )啊！解决了，不知道你指的是什么问题啊 : Originally posted by 水儿CoCo at
( ⊙ o ⊙ )啊！解决了，不知道你指的是什么问题啊... 就是小分子的top你是怎么获得的呢，我去年学的GMX，小分子top不知道怎么得到，后来看到用PRODRG，可是好像这样得到的电荷有错误，模拟时基本都会出问题。不知道你是怎么得到小分子top的。谢谢哈 : Originally posted by huyingdamon at
就是小分子的top你是怎么获得的呢，我去年学的GMX，小分子top不知道怎么得到，后来看到用PRODRG，可是好像这样得到的电荷有错误，模拟时基本都会出问题。不知道你是怎么得到小分子top的。谢谢哈... 电荷是不准确的，电荷组也是，我是用高斯计算然后自己更改的，文件形式一致就好，电荷是可以改的 : Originally posted by 水儿CoCo at
电荷是不准确的，电荷组也是，我是用高斯计算然后自己更改的，文件形式一致就好，电荷是可以改的... 其他的都不该 就改电荷就可以是吗 还有高斯我没用过 那个计算电荷难吗 在win7下可以使用吗。我今天模拟了下，是通过prodrg得到的top,本来去年模拟都会提示电荷或者电荷组有错误，这次居然没提示，10 ns 的MD模拟都可以顺利进行。只是结果没什么用，我有点担心是电荷问题，因为期待两个分子相互作用，但从轨迹看似乎相隔有点远。你有什么建议没，谢谢哈 : Originally posted by huyingdamon at
其他的都不该 就改电荷就可以是吗 还有高斯我没用过 那个计算电荷难吗 在win7下可以使用吗。我今天模拟了下，是通过prodrg得到的top,本来去年模拟都会提示电荷或者电荷组有错误，这次居然没提示，10 ns 的MD模拟都 ... 高斯计算电荷win7可以用的，不难啊，你看一看高斯计算单点能的教程例子就好，要修改电荷还有电荷组，http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/02_topology.html
这个教程里面有写的，修改电荷电荷组，那个结果分析我也是没怎么入门:shuai::shuai::shuai::shuai::shuai:&& 查看话题
求大神指教。。。指导我考研学校的选择？？？
我想好了考的大学
满足这几点就可以
1、我想考的专业有：化学工程及技术、应用化学、工程工艺，工科类，
2、想考学校是211类的大学，且我考的专业在B+类以上的大学
3、考的专业最好是物理化学，我应化专业的，没有学过化工原理，重新学会增加我考研的难度，所以最好是考物化的专业，或者分析、无机除有机
4、考研的大学只要不在大西北、大东北就行【新疆、哈尔滨那些，我吃不消】
5、我学习一般，就是数学好一点，英语拖后腿，别整太高难度的给我
有经验的帮帮忙，先定好专业，我才好复习，帮我看看那个大学好:(:(:(:(:(
求大神指点下，小的先说谢谢了 你们有什么电脑的什么问题，我也同样可以尽量为你帮助，谢谢 这情况这我当年一摸一样呀！我建议楼主考太原理工或者福州大学！ :hand:郑州大学、太原理工大学、、、:tiger29: 北京化工大学、华东理工大学、四川大学等化工专业都可以选考专业为数2和物化。 这得看自己，别人也左右不了你的决定，最多给你个建议，你既然已经明确了专业课了，你就到研招网上看看有哪些学校是考这种专业课的，根据你自己想去的地方来进行选择。 这得需要你自己的考虑了，首先你是看中了专业，还是学校，还是地区，这几个弄清楚了，然后再进行选择。即使是难度比较大，但是你的付出会有收获的 : Originally posted by
西北大学 他是考化工原理的，不然我也想考 : Originally posted by jyycomeon at
这得看自己，别人也左右不了你的决定，最多给你个建议，你既然已经明确了专业课了，你就到研招网上看看有哪些学校是考这种专业课的，根据你自己想去的地方来进行选择。 他多的选择因素了，所以求助 我的状况和你一样，打算考苏州大学，要不你也考虑考虑 华东理工吧，性价比很高。。。 推荐中国矿业大学，211部署高校，化工不错，材料一直处于发现阶段材料科学是国家重点学科 推荐中国矿业大学，211部署高校，化工不错，材料一直处于发现阶段材料科学是国家重点学科，环测全国领先，矿加，采矿世界顶尖 合肥工业大学哈，我是这边应化的，不过我想考华理 东南大学考的是数二和物化，且物化试题相当之简单，你有兴趣可以了解下EPJAP投出稿件快两月了，状态如下，求大神指教是什么情况_百度知道
EPJAP投出稿件快两月了，状态如下，求大神指教是什么情况
我有更好的答案
第三个专家同意审稿;01/2013 report promised by referee 3 23/01/12/2013 sent to referee 3 16/2013 sent to referee 2 14&#47，第一个专家拒绝审稿，所以责编又向第三个专家发邀请;01/2012 pre-registration 04/2013 cancellation of referee 1 14/2013 reminder to referee 2貌似责编向2个专家发审稿邀请;2013 sent to editor 07/01&#47Date Status 29/01/01&#47，责编在1月23日提醒了他;2013 submission being registered 04/01/2013 sent to referee 1 07/01&#47，第二个专家没有回复
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这两幅图在MS中是怎么得到的，求大神指教
//file/data/bcs//w254h.jpgfile/data/bcs//w133h.jpg
大神快来拯救我呀！！真的很捉急 图为分子在晶胞内的运动轨迹图。该轨迹可以通过输出分子质心的xyz坐标来实现。将所需进行描述运动轨迹的分子的质心保存为Set后，使用脚本即可进行处理。但是具体我也不大懂脚本如何搞定。。。。。。你可以找MS的专业人才问一下 : Originally posted by aiqianshipin at
图为分子在晶胞内的运动轨迹图。该轨迹可以通过输出分子质心的xyz坐标来实现。将所需进行描述运动轨迹的分子的质心保存为Set后，使用脚本即可进行处理。但是具体我也不大懂脚本如何搞定。。。。。。你可以找MS的专业 ... 脚本我是有的，但是脚本输出的是各个原子的位置坐标，没法找到气体分子的运动轨迹呀！ : Originally posted by 黑色风暴ly at
脚本我是有的，但是脚本输出的是各个原子的位置坐标，没法找到气体分子的运动轨迹呀！
... 你已经得到原子的坐标位置了，用Origin直接作图不久行了嘛？第一张图是原子相对于初始时刻的位移；第二张图是三维图，origin很好实现的。 : Originally posted by wangzhikun at
你已经得到原子的坐标位置了，用Origin直接作图不久行了嘛？第一张图是原子相对于初始时刻的位移；第二张图是三维图，origin很好实现的。... 求细说一下步骤呀！！我不是很明白，，我是用ms模拟甲烷气体在wiser煤中的扩散的。。都算好了，在网上找了一个脚本，把xtd文件转化为xyz位置坐标，但是它连着wiser煤分子一起转化了，这让我没法分析甲烷气体呀。。。 : Originally posted by 黑色风暴ly at
求细说一下步骤呀！！我不是很明白，，我是用ms模拟甲烷气体在wiser煤中的扩散的。。都算好了，在网上找了一个脚本，把xtd文件转化为xyz位置坐标，但是它连着wiser煤分子一起转化了，这让我没法分析甲烷气体呀。。 ... 那就是你的脚本的问题，用脚本可以直接提取出某一个原子（或质心）在轨迹文件里面的坐标，这些坐标值在三维图（点线连接形式的）里面就是你给的第二张图那样的。我给你一个脚本，可以提取出轨迹文件里面的原子运动轨迹。你试试吧。
use Getopt::L
use MaterialsScript qw(:all);
my $trj = $Documents{&???.xtd&};
my $atoms = $trj-&AsymmetricUnit-&Sets(&???&)-&A
for (my $frame=1; $frame&=$trj-&Trajectory-&NumF ++$frame){
& & $trj-&Trajectory-&CurrentFrame = $
& & foreach my $atom (@$atoms) {
& & printf &Current Frame is %5d, &,$
#& && & printf &the XYZ of %5s atom: %10f, %10f, %10f \n&, $atom -&Name,$atom -&X,$atom -&Y,$atom -&Z;
& & printf &the XYZ of %5s atom: %10f, %10f, %10f \n&, $atom -&Name,$atom -&XYZ-&X,$atom -&XYZ-&Y,$atom -&XYZ-&Z;
& && && &}
& & } :hand::victory: : Originally posted by wangzhikun at
那就是你的脚本的问题，用脚本可以直接提取出某一个原子（或质心）在轨迹文件里面的坐标，这些坐标值在三维图（点线连接形式的）里面就是你给的第二张图那样的。我给你一个脚本，可以提取出轨迹文件里面的原子运动 ... 能教下我吗？我用你们的方法怎么还是不行呢？我收菜鸟，请你指导！:hand: : Originally posted by 天道and酬勤 at
能教下我吗？我用你们的方法怎么还是不行呢？我收菜鸟，请你指导！:hand:... 额，不好意思才看到，你是什么不行啊？perl脚本不会用吗？ : Originally posted by wangzhikun at
额，不好意思才看到，你是什么不行啊？perl脚本不会用吗？... 您好！上面的那个脚本是提取某一个特定原子的轨迹吗？不会用，是不是只要把上面的问号改成轨迹文件名字（第一个问号）和某一个原子编号（第二个问号）就行啦？我是这么改的，运行failed哦。 : Originally posted by 天道and酬勤 at
您好！上面的那个脚本是提取某一个特定原子的轨迹吗？不会用，是不是只要把上面的问号改成轨迹文件名字（第一个问号）和某一个原子编号（第二个问号）就行啦？我是这么改的，运行failed哦。... 不可以，那个脚本有问题。。你到分子模拟论坛里面有个经验交流里面前几个贴有教你怎么做的！至于特定原子，需要你手动挑选，好像在每个frame的最后，具体规律，你自己找吧 : Originally posted by 黑色风暴ly at
不可以，那个脚本有问题。。你到分子模拟论坛里面有个经验交流里面前几个贴有教你怎么做的！至于特定原子，需要你手动挑选，好像在每个frame的最后，具体规律，你自己找吧
... 脚本有问题啊？我用这个貌似也输出来了啊！ : Originally posted by 天道and酬勤 at
脚本有问题啊？我用这个貌似也输出来了啊！... 我也用这个脚本输出来了，但是输出来的是原子；比如我想计算氧气的原子相对于初始时刻的位移和三维运动轨迹图，那怎么转化？不知道前辈有没有做出来？期待您的指导。期待QQ进一步的交流。不知道您QQ为多少？我的QQ： : Originally posted by wangzhikun at
那就是你的脚本的问题，用脚本可以直接提取出某一个原子（或质心）在轨迹文件里面的坐标，这些坐标值在三维图（点线连接形式的）里面就是你给的第二张图那样的。我给你一个脚本，可以提取出轨迹文件里面的原子运动 ... 我也用这个脚本输出来了，但是输出来的是原子；比如我想计算氧气的原子相对于初始时刻的位移和三维运动轨迹图，那怎么转化？还有我们导出来的原子坐标，是不是已经相对初始时刻的？期待您的指导。期待QQ进一步的交流。不知道您QQ为多少？我的QQ：。谢谢 : Originally posted by wangzhikun at
那就是你的脚本的问题，用脚本可以直接提取出某一个原子（或质心）在轨迹文件里面的坐标，这些坐标值在三维图（点线连接形式的）里面就是你给的第二张图那样的。我给你一个脚本，可以提取出轨迹文件里面的原子运动 ... 我也用这个脚本输出来了，但是输出来的是原子；比如我想计算氧气的原子相对于初始时刻的位移和三维运动轨迹图，我们用这个脚本导出来的原子坐标，不知道是不是已经相对于初始时刻的位移？期待您的指导。期待QQ进一步的交流。不知道您QQ为多少？我的QQ：。谢谢&& 查看话题
路过的大神们，求指教！
稿子接收了，编辑的邮件包含以下一句话（第一次，不太懂），望大神指点指点！
The short text for the graphical table of contents (TOC).
The TOC text (not to be mixed up with summary/abstract) should sum up your article in 300 Characters, be written in the present tense and refer to the chosen TOC figure.
The short text for the graphical table of contents (TOC).
给TOC写一段总结性的话
The TOC text (not to be mixed up with summary/abstract) should sum up your article in 300 Characters, be written in the present tense and refer to the chosen TOC figure.
这段话300字符（不要和概要和摘要混淆），现在时态
看看已发表文章的图片下面的那段话 : Originally posted by 自私的猫1988 at
The short text for the graphical table of contents (TOC).
给TOC写一段总结性的话
The TOC text (not to be mixed up with summary/abstract) should sum up your article in 300 Characters, be written in t ... 请问是类似于图文摘要吗？ : Originally posted by 不休戦影 at
请问是类似于图文摘要吗？... 就是图文摘要