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用NTSYS软件做树状图 总是出不来怎么回事
前面都好好的，到最后一步的时候就出现了这样的情况
我是按照下面的步骤，应该没有问题吧：
1．双击NTSYS-PC，点击similarity→Qualitative data→Input data file,选择A-1.NTS文件，在Output file中输入B-2文件，点击Compute； 2．点击clustering→SHAN→input file，选择B-2→In case of ties改为Find→compute计算完成。 3．点击Graphics→tree plot→input file，选择B-2→compute，即可出现聚类图
弄了好久都是这样，一直是这种提示 什么意思呀
未命名.jpg
meirenliwo 你可以换个软件啊！ : Originally posted by gwd0312 at
你可以换个软件啊！ 谢谢了 只有你给我回复 我已经解决了，是中间步骤没有弄对。 请问楼主是中间哪个步骤不对啊，我现在也是出现这种情况········ : Originally posted by 83910 at
请问楼主是中间哪个步骤不对啊，我现在也是出现这种情况········ 中间数据有错误的 除了0 1 以外 还有其他的数据 你仔细查找看看 找到原因了，是之前的文件格式存错了，不过还是谢谢楼主:hand: : Originally posted by 83910 at
找到原因了，是之前的文件格式存错了，不过还是谢谢楼主:hand: 该怎么存格式？Ntsys-pc聚类分析的聚类图已经做好，可是样品非常多，135个，聚类图中，样品名称都重叠一起，谁有办法调整-中国学网-中国IT综合门户网站
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Ntsys-pc聚类分析的聚类图已经做好，可是样品非常多，135个，聚类图中，样品名称都重叠一起，谁有办法调整
转载 编辑：李强
为了帮助网友解决“Ntsys-pc聚类分析的聚类图已经做好”相关的问题，中国学网通过互联网对“Ntsys-pc聚类分析的聚类图已经做好”相关的解决方案进行了整理,用户详细问题包括:RT,我想知道:Ntsys-pc聚类分析的聚类图已经做好，可是样品非常多，135个，聚类图中，样品名称都重叠一起，谁有办法调整，具体解决方案如下：解决方案1：在弹出聚类图窗口的菜单栏上有个option按钮，在里面找plot就可心改字体了，也可以在option里改一下窗口的上下左右边距，也可以直接拉动窗口边缘将窗口拉大通过对数据库的索引,我们还为您准备了：答：可以做不同类型的，有二维，三维的，前阵子我研究了下，并且自己做了个操作说明，你可以把你的邮箱告诉我，我发给你===========================================问：我总共有143个样，为什么聚类图做出来只有30个样的聚类图，为什么啊？请...答：可能是你聚类的条件太宽泛，检查下===========================================问：我总共有143个样，为什么聚类图做出来只有30个样的聚类图，为什么啊？请...答：这是不同基因位点的分析吗？ 聚类分析图的表示，你应该能看懂，就是几个归为一类。 至于专业意义上的分析，你要去查阅大量的资料===========================================问：别人的图是这样的： 求原因，怎么破？答：正常的情况，你在option里面修改地址 我替别人做这类的数据分析蛮多的===========================================问：分析-分类-系统聚类，在方法里面的区间里面需要分别怎样设置距离才可以...答：你是在看教程学习还是实际应用 一般在实际应用中 已经没有R型和Q型的说法了, 不过教材中还会提到 分别是对个案进行聚类和 对变量进行聚类. 由于对变量进行聚类一般是采用因子分析或者主成分分析了,所以很少会用聚类分析对变量进行聚类了 至于对...===========================================在弹出聚类图窗口的菜单栏上有个option按钮,在里面找plot就可心改字体了,也可以在option里改一下窗口的上下左右边距,也可以直接拉动窗口边缘将窗口拉大=========================================== 可以做不同类型的,有二维,三维的,前阵子我研究了下,并且自己做了个操作说明,你可以把你的邮箱告诉我,我发给你=========================================== 这个软件及说明,我有,楼主可以联系。我发给你,最好分再多点=========================================== (2) 利用NTSYS软件构建树状图 1.双击NTSYS-PC,点击similarity→Qualitative data→... 3.点击Graphics→tree plot→input file,选择B-2→compute,即可出现聚类图。 4.点击T...===========================================ntsys软件:聚类分析的软件,可以用来分析RFLP,RAPD等电泳带型,也可用于微生物群落多样性的相似性分析http://blog.bioon.net/user1/465/archives/.shtml重复位点...===========================================EXCEL 可以做聚类分析吗 没听说过哦 软件SPSS和NTSYS可以用来做聚类分析 当然还有很多其他的软件 就我所知 用上述两个软件做聚类时是要用到EXCEL的 但并不是...=========================================== 3、数据分析: 用BIO-RAD公司的Quantity One 软件统计,再用NTSYS软件计算出遗传相似性系数,用UPGMA法进行聚类分析构建聚类图。===========================================
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ISSN ; CODEN TSHPA9http://www.chinacrops.org/zwxb/ E-mail: xbzw@DOI: 10.3724/SP.J.1
006.中国 88 个马铃薯审定品种 SSR 指纹图谱构建与遗传多样性分析段艳凤摘刘杰卞春松段绍光徐建飞金黎平 *中国农业科学院蔬菜花卉研究所, 北京 100081要: 为对马铃薯品种鉴别、 优良杂交组合选配提供分子水平上的依据, 利用 SSR 标记构建了中国
年审定的 88 个马铃薯品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。以 138 对 SSR 引物对 16 份遗传差异较大的马铃薯材 料的基因组 DNA 进行了扩增, 筛选出 10 对多态性高、谱带清晰的引物。利用 10 对 SSR 引物对全部供试材料进行 扩增及电泳检测, 共检测到 135 个等位位点, 其中 133 个为多态性位点, 多态性比率达 98.52%。每对 SSR 引物扩增 出的等位位点数 7~22 个, 平均 13.5 个, 多态性信息量变化范围为 0.5, 平均 0.8501。 通过对电泳检测结果 的统计分析, 利用 S180、S25、S7、S151、S184 及 S192 共 6 对引物构建了 88 份供试材料的 SSR 指纹图谱。聚类分 析表明, 在相似系数 0.620 处, 所有供试材料被被聚为一类, 在相似系数 0.652 处, 81.8%的材料仍然聚在一起, 从分 子水平上表明供试材料遗传基础非常狭窄。聚类分析结果与供试材料系谱来源有较好一致性, 同一栽培区域育成的 品种在不同程度上聚在一类。 关键词: 马铃薯; 审定品种; SSR 标记; DNA 指纹图谱; 遗传多样性Construction of Fingerprinting and Analysis of Genetic Diversity with SSR Markers for Eighty-Eight Approved Potato Cultivars (Solanum tuberosum L.) in ChinaDUAN Yan-Feng, LIU Jie, BIAN Chun-Song, DUAN Shao-Guang, XU Jian-Fei, and JIN Li-Ping*Institute of Vegetables and Flowers of Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, ChinaAbstract: Potato (Solanum tuberosum L.) is one of the most important food crops in the world. Approved potato cultivars have contributed a lot not only to potato production but also to varietal improvement as germplasm resource, and about 110 potato cultivars were approved during
in China. It is necessary to make potato cultivar identification and genetic relationship analysis for seed production, germplasm management, plant variety protection, and breeding practice. Currently, the simple sequence repeats (SSRs) are preferred as molecular markers due to their highly desirable properties. In this study, for the purpose of cultivar identification and parents combination at the molecular level, SSR markers were employed to analysis on fingerprinting and genetic diversity of 88 potato cultivars approved in China during . Ten of 138 pairs of SSR primers were screened out based on 16 accessions distinct in genetics. The 10 primer pairs amplified a total of 135 alleles (including 133 polymorphic alleles) among the 88 cultivars, and the ratio of polymorphism was as high as 98.52%. Alleles amplified by each pair of primers ranged from 7 (primer S7) to 22 (primer S189), with a mean of 13.5. The polymorphic information content values (PIC) ranged from 0.7604 (primer S192) to 0.9375 (primer S189), with a mean of 0.8501. The fragment size varied from 80 to 380 bp. The fingerprinting of 88 cultivars was constructed by 6 pairs of primers of S180, S25, S7, S151, S184, and S192. Eighty-seven out of 88 cultivars were univocally identified using only five SSR primers (S180, S25, S7, S151, and S184). UPGMA cluster analysis of genetic similarity showed that all the materials were clustered in to one group at the genetic similarity of 0.620, and 81.8% of the cultivars were still clustered together at the genetic similarity of 0.652. The genetic relationships of cultivars were identical to the本研究由国家“十一五”科技支撑计划项目(2007BAD49B01), 引进国际先进农业科学技术计划(948 计划)项目(2006-G12), 农业部园艺作物遗 传改良重点开放实验室资助。*通讯作者(Corresponding author): 金黎平, Tel: 010-第一作者联系方式: E-mail: ; Tel:
Received(收稿日期): ; Accepted(接受日期): .1452作 物 学 报第 35 卷family tree basically. It is indicated that the genetic basis of potato cultivars in China is narrow, and the genetic relationship of the potato cultivars derived from the same district is similar. The fingerprinting and analysis of genetic diversity in this study give a basis for exploration and utilization of approved potato cultivars as germplasm resources. Keywords: P A SSR DNA Genetic diversity马铃薯(Solanum tuberosum L.)是粮、菜、饲和 工业原料兼用的主要农作物, 其适应性广、丰产性 好、营养丰富、经济效益高、适于加工, 在促进农 民增收和维护国家粮食安全中发挥着重要作用。我 国是世界马铃薯生产第一大国, 据《中国农业年鉴 统计》, 2005 年种植面积为 488.09 万公顷, 总产量 为 7 086 万吨。我国马铃薯育种仍以常规方法为主, 即品种间或种间杂交。 据不完全统计, 自 20 世纪 40 年代到 2000 年间, 我国共育成马铃薯品种 170 多个[1]。 近年来, 随着我国马铃薯育种进程加快, 育成的品 种数量迅速增加,
年省级(含直辖市)以 上共审定品种近 110 个。由于早期对马铃薯品种缺 乏系统完善的鉴定方法, 致使出现同种多名和同名 多种等现象, 品种混乱问题给马铃薯生产造成很大 损失。马铃薯品种鉴定一直基于传统的形态学特征, 如块茎性状、叶类型、花色及芽外观等 , 这些性状 容易受环境条件影响, 并且对植物及块茎成熟度等 都有一定的要求 [3]。 此外, 我国育成马铃薯品种的亲 本基本上是五、六十年代引自欧洲的四倍体栽培品 种, 亲缘关系近, 后代的遗传变异停留于近交水平[4] [2](含直辖市)以上审定, 由全国 18 个省市 22 个育种单 位提供(表 1)。DNA 提取 取苗期植株幼嫩、健壮且新鲜的叶片, 利用 CTAB 法 [10]结合高通量的 Retsch 细胞破碎仪(Retsch Inc., Haan, Germany)快速提取基因组 DNA, 以 1% 琼脂糖凝胶电泳检测。样品稀释到 25 ng μL?1, 置 C20℃冰箱保存。 1.2 1.3 SSR 标记分析SSR 引物序列信息来源于公开发表的文献 [11-12] (表 2), 引物均由上海生工生物工程技术服务有限公 司合成。 PCR 扩增体系 20 μL, 含 25 ng μL?1 DNA 模板 2.0 μL、10 pmol μL?1 上游 primer 0.8 μL、10 pmol μL?1 下游 primer 0.8 μL、 mmol L?1 dNTPs 1.6 μL、 2.5 10×PCR buffer 2.0 μL、Taq DNA 聚合酶(2.5 U μL?1) 0.4 μL、ddH2O 12.4 μL。Taq DNA 聚合酶为 Tiangen 公司产品。反应程序为 94℃模板预变性 5 94℃ 变性 30 s, 退火 30 s (退火温度范围在 53~64℃), 72 ℃延伸 45 s, 35 个循环; 最后 72℃下延伸 7 min, 4℃ 保存。 PCR 产物用 8%的变性 PAGE 电泳检测。电泳 结束后用硝酸银染色观察结果。, 从而加大了利用传统形态学鉴定马铃薯品种的难度。因此, 如何快速准确鉴别马铃薯品种和选配 优良杂交组合培育新品种, 已成为当前马铃薯生产 及科研中急需解决的问题。 SSR (simple sequence repeat)标记在基因组间广 泛分布, 由于其具有共显性、重复性好、多态性高、 扩增结果稳定、检测手段简便易行, 被广泛应用于 马铃薯 品种指纹图谱绘制、遗传关系分析 [5-9]。本数据分析 SSR 扩增谱带在相同迁移率位置上有带记为 1、 无带记为 0, 组成原始矩阵。多态性位点百分率 p = (k / n ) ×100%, 其中 k 是多态位点数目; n 为所测位 1.4点总数。多态性信息量 PIC = 1 ? ∑ fi2 , 其中, fi 为基1 i研究 采用 SSR 标记构建我国
年审定的 88 个马铃薯品种的指纹图谱, 并进行遗传多样性分 析, 以期为马铃薯种薯生产、种质资源管理、育种 实践、品种审定及知识产权保护等方面提供一定科 学依据。因座位上第 i 等位基因的频率。 用 NTSYS-pc2.11 软件的 SAHN 程序和 UPGMA 方法进行聚类分析, 并通过 Tree plot 模块生成聚类图。22.1结果与分析11.1材料与方法材料 88 个马铃薯品种均在
年通过省级SSR 标记多态性分析 通过系谱分析, 选用 16 份遗传差异较大的材料 对 138 对 SSR 引物进行筛选, 获得 10 对多态性高、第8期段艳凤等: 中国 88 个马铃薯审定品种 SSR 指纹图谱构建与遗传多样性分析表 1 供试马铃薯品种材料 Potato accessions used in this study 材料名称 Accession 早大白 Zaodabai 冀张薯 8 号 Jizhangshu 8 合作 88 Hezuo 88 合作 23 Hezuo 23 合作 001 Hezuo 001 合作 002 Hezuo 002 鄂马铃薯 5 号 Emalingshu 5 天薯 8 号 Tianshu 8 中薯 6 号 Zhongshu 6 丽薯 2 号 Lishu 2 同薯 23 Tongshu 23 蒙薯 10 号 Mengshu 10 蒙薯 12 Mengshu 12 克新 15 Kexin 15 云薯 101 Yunshu 101 云薯 201 Yunshu 201 克新 14 Kexin 14 鄂马铃薯 4 号 Emalingshu 4 中薯 13 Zhongshu 13 中薯 14 Zhongshu 14 中薯 3 号 Zhongshu 3 Favorita 东农 306 Dongnong 306 东农 307 Dongnong 307 新大坪 Xindaping 陇薯 5 号 Longshu 5 陇薯 6 号 Longshu 6 青薯 4 号 Qingshu 4 天薯 9 号 Tianshu 9 威芋 3 号 Weiyu 3 表 2 SSR 引物序列与名称 SSR primer sequences used in this study正向引物 Forward primer (5'C3') ACTGCTGTGGTTGGCGTC GCGAATGACAGGACAAGAGG GACTGGCTGACCCTGAACTC 反向引物 Reverse primer (5'C3') ACGGCATAGATTTGGAAGCATC TGCCACTGCTACCATAACCA1453Table 1 编号 Code 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 材料名称 Accession 克新 19 Kexin 19 克新 20 Kexin 20 春薯 4 号 Chunshu 4 青薯 2 号 Qingshu 2 秦芋 30 Qinyu 30 中薯 7 号 Zhongshu 7 青薯 8 号 Qingshu 8 青薯 5 号 Qingshu 5 青薯 7 号 Qingshu 7 川芋 10 号 Chuanyu 10 东农 305 Dongnong 305 大西洋 Atlantic 川芋 6 号 Chuanyu 6 双丰 5 号 Shuangfeng 5 中薯 5 号 Zhongshu 5 中薯 9 号 Zhongshu 9 坝薯 10 号 Bashu 10 双丰 6 号 Shuangfeng 6 蒙薯 13 Mengshu 13 晋薯 12 Jinshu 12 晋薯 14 Jinshu 14 凉薯 8 号 Liangshu 8 凉薯 17 Liangshu 17 同薯 20 Tongshu 20 青薯 3 号 Qingshu 3 郑薯 7 号 Zhengshu 7 宁薯 10 号 Ningshu 10 克新 16 Kexin 16 鄂马铃薯 3 号 Emalingshu 3 克新 18 Kexin 18 编号 Code 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60编号 Code 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88材料名称 Accession 张薯 7 号 Zhangshu 7 克新 17 Kexin 17 延薯 4 号 Yanshu 4 宁薯 11 Ningshu 11 宁薯 9 号 Ningshu 9 青薯 6 号 Qingshu 6 晋薯 16 Jinshu 16 晋薯 17 Jinshu 17 晋薯 11 Jinshu 11 晋薯 13 Jinshu 13 晋薯 15 Jinshu 15 秦芋 31 Qinyu 31 川芋 5 号 Chuanyu 5 川芋 8 号 Chuanyu 8 中甸红 Zhongdianhong 会-2 号 Hui-2 合作 003 Hezuo 003 丽薯 1 号 Lishu 1 云薯 102 Yunshu 102 云薯 301 Yunshu 301 中薯 4 号 Zhongshu 4 中薯 8 号 Zhongshu 8 中大 1 号 Zhongda 1 中薯 10 号 Zhongshu 10 中薯 11 Zhongshu 11 中薯 12 Zhongshu 12 云薯 501 Yunshu 501 渝马铃薯 1 号 Yumalingshu 1Table 2编号 Code S180 S25 S7 S151 S184 S192 S170 S174 S118 S189 染色体上的位置 Map location VIII X II VI II III VIII VII XII IX (TAA)n (GGC)n(GGT)n (CA)imp(TC)imp (AAG)n (CTT)n (ATA)n (GAA)n (AGG)n SSR 基序 SSR motif引物来源 Primer origin Feingold S et al.[12] Feingold S et al.[12] Feingold S et al.[12] Feingold S et al.[12] Feingold S et al.[12] Feingold S et al.[12] Feingold S et al.[12] Ghislain M et al.[11] Feingold S et al.[12]GACAAAATTACAGGAACTGCAAA Feingold S et al.[12]GCTGCTAAACACTCAAGCAGAA CAACTACAAGATTCCATCCACAG TCATCACAACGTGACCCCA ACTTCTGCATCTGGTGAAGC CGCAAATCTTCATCCGATTC TGAGGGTTTTCAGAAAGGGA GGGCTTGAATGATGTGAAGCTC GGTCTGGATTCCCAGGTTG TCCGGCGGATAATACTTGTT CATCCTTGCAACAACCTCCT GTGGCATTTTGATGGATT TCCGCCAAGACTGATGCACompound (GT/GC)(GT)8 AGAGATCGATGTAAAACACGT (AAG)n CCTTGTAGAACAGCAGTGGTC1454作 物 学 报第 35 卷带型容易识别的引物, 引物代号为 S192、 S184、 S25、 S7、S151、S170、S174、S118、S189 和 S180。用 于引物筛选的 16 份材料分别是 Katahdin、Epoka、 Mira、 Anemone、 小叶子、 系薯 1 号、 虎头、 Schwalbe、 克新 2 号、高原 7 号、川芋 6 号、鄂马铃薯 3 号、 Favorita、中薯 3 号、蒙薯 10 号和 DTO-33。Table 3 引物编号 Primer code S180 S25 S7 S151 S184 S192 S170 S174 S118 S189 合计 Total 平均 Average 退火温度 Annealing temperature(℃) 55 55 55 55 55 55 58 64 53 55 ― ― 等位位点数 No. of alleles 15 13 7 12 17 9 15 14 11 22 135 13.5利用 10 对 SSR 引物对 88 份供试材料进行扩增, 共扩增出 135 个等位位点, 其中 133 个为多态性位 点, 占 98.52%。每个位点的等位基因数目不等, 变 幅为 7(S7)~22(S189)。平均多态性信息量为 0.8501, 变幅为 0.)~0.)。扩增产物片段 大约在 80~380 bp 之间(表 3)。表 3 SSR 引物扩增情况 The result of amplifying by selected primers 多态性位点数 No. of polymorphic alleles 15 12 7 12 17 8 15 14 11 22 133 13.3 多态性比率 Ratio of polymorphic alleles (%) 100 92.31 100 100 100 88.89 100 100 100 100 ― 98.52 扩增片段范围 Range of allele size (bp) 130C200 180C380 135C160 80C153 160C290 160C250 116C270 120C195 115C190 180C380 ― ― 多态性信息量 PIC 0.5 0.8 0.4 0.3 0.5 ― 0.85012.2品种指纹分析 通过对 10 对 SSR 引物的扩增谱带进行统计分析, 综合考虑 PIC 值大小、扩增带型统计的难易及引物的重 复性高低, 确定 S180、S25、S7、S151、S184 和 S192 共 6 对引物用于构建 88 份供试材料的指纹图谱。其中, S180 可鉴别克新 20、 秦芋 30、 青薯 5 号等 38 个品种; S25 可鉴别春薯 4 号、青薯 7 号、中薯 9 号等 33 个品种; S7 可鉴别东农 305、大西洋、川芋 6 号等 16 个品种; S151 可鉴别克新 19、 坝薯 10 号、 蒙薯 10 号等 13 个品种; S184 可鉴别双丰 5 号、晋薯 14、合作 88 等 11 个品种; S192 可鉴别克新 20、合作 001、中薯 13 及中甸红 4 个品种。 根据上述 6 对 SSR 引物的 0、1 统计结果, 以S180 一对引物进行鉴定, 可将 43.2% (38 个)的品种 区分开; 结合 S180、S25 两对引物进行鉴定, 可将 85.2% (75 个)的品种区分开; 结合 S180、S25、S7 三对引物进行鉴定, 可将 93.2% (82 个)的品种区分 开; 结合 S180、S25、S7、S151 四对引物进行鉴定, 可将 95.5% (84 个)的品种区分开; 结合 S180、S25、 S7、S151、S184 五对引物进行鉴定, 可将 98.9% (87 个)的品种区分开; 结合 S180、 S25、 S151、 S7、 S184、 S192 六对引物进行鉴定, 可将 88 个品种完全区分 开。本研究按照 S180/S25/S7/S151/S184/S192 组合, 构建了 88 份供试材料的指纹图谱(本文未列出)。图 1 为引物 S184 对部分马铃薯审定品种的扩增结果。Fig. 1图 1 引物 S184 在部分马铃薯审定品种中的扩增结果 DNA fragments amplified by SSR primer S184 in some potato cultivars M: 分子量标准; 34~63: 对应供试材料编号(编号与表 1 相同)。 M: 34C63: the codes of cultivars corresponding with those in Table 1.第8期段艳凤等: 中国 88 个马铃薯审定品种 SSR 指纹图谱构建与遗传多样性分析1455聚类分析 按照 UPGMA 进行聚类分析, 得到 88 份供试材 料的遗传关系树状图(图 2)。以遗传相似系数 0.640 为标准, 可将所有供试材料分为 4 个类群, 一个大 类 A 和 3 个较小的 B、C、D 类。聚类结果与系谱 来源有较好一致性, 且品种的亲缘关系与来源地区 有较为明显的关系, 即同一栽培区域育成的品种在 不同程度上聚在一起。 A 类包括 79 份品种, 占所有供试材料的 89.8%, 在相似系数 0.652 处可被分为 3 个亚类, 即 A1、A2 和 A3。 其中 A1 亚类包括 72 份品种, 且可进一步划 分为 6 组。 组 50 份品种中, 74%来自北方和西北一 I 季作区, 其中包括中薯系列 10 份品种、克新系列 5 份品种、晋薯系列 4 份品种、青薯系列 4 份品种及 东农系列的 3 份品种。本组中含有美国品种 Katahdin、 小叶子血缘的品种占 28%, 含有德国品种 工业、Jubel 血缘的品种占 28%, 含有新型栽培种血 缘的品种占 12%, 含有波兰、加拿大、荷兰品种血 缘的分别占 6%、8%、6%, 由国际马铃薯中心(CIP) 种质资源育成的品种占 8%。II 组包括 7 份品种, 其 中 5 份来自西南一二季作垂直分布区。云薯 201、 云薯 101、云薯 102 含有新型栽培种血缘, 均为 S95-105 与内薯 7 号杂交后代系统选育而成。III 组 包括 7 份品种, 6 份来自北方一季作区, 1 份来自南方 冬作区。其中 3 份含有美国品种早玫瑰、小叶子的 血缘。IV 组延薯 4 号来自北方一季作区, 是由莫斯 科列思基茎尖剥离组织培养过程中产生的自然芽变 单株系统选育而成, 与其他品种亲缘关系较远, 单 独分为一组。V 组包括川芋 10 号和晋薯 17 两份品 种, 分别来自西南一二季作垂直分布区和北方一季 作区, 均含有德国品种德友 7 号的血缘。VI 组 5 份 品种, 其中北方一季作区 4 份。该组中 3 份品种含 有德国品种工业和 Jubel 的血缘。A2 亚类包含 6 份 品种, 3 份来自北方和西北一季作区, 3 份来自西南 一二季作垂直分布区。 其中丽薯 2 号和蒙薯 10 号由 新型栽培种资源育成, 合作 88 号和合作 003 由 CIP 资源育成。A3 亚类则只包含双丰 6 号一个品种, 来 自中原二季作区, 由 CIP 资源育成。 B 类包括 6 份品种即青薯 2 号、中薯 7 号、凉 薯 8 号、青薯 6 号、冀张薯 8 号及大西洋。5 份属 于北方和西北一二季作区。大西洋为美国引进品种, 青薯 2 号、 中薯 7 号均含有美国品种 Katahdin 的血缘。 C 类包括合作 001 和川芋 5 号两个品种, 均来 2.3自西南一、二季作垂直分布区, 均由 CIP 种质资源 选育而成。 D 类只包含克新 15 一个品种, 来自北方一季作 区, 由新型栽培种种质资源选育而成。 在聚类分析中, 同一育种单位培育的品种多聚 在相同类群, 如中国农业科学院蔬菜花卉研究所培 育的中薯 3 号、中薯 8 号、中薯 12、中薯 13 聚在 A1 亚类第 1 组; 云南省农科院经济作物研究所培育 的云薯 201、云薯 301、云薯 101、云薯 102 聚在 A1 亚类第 2 组; 陕西省安康市农业科学研究所培育 的秦芋 30 和秦芋 31 聚在 A2 亚类。3讨论本研究从筛选出的 10 对遗传多态性较强的 SSR引物中, 选取扩增谱带稳定性较好、 分辨率较高的 6 对, 利用它们的指纹组合构成了供试马铃薯材料特 有的 DNA 指纹, 将这些材料逐一区分开。 SSR 标记 的高分辨力特性及共显性的遗传方式使其成为品种 DNA 指纹分析较为理想的技术。 马铃薯 SSR 标记的 不断开发及引物序列的公开发表, 极大地促进了 SSR 技术在马铃薯品种鉴定及种质资源研究中的应 用。 Norero 等 [2]利用 4 对 SSR 引物对 37 个马铃薯品 种进行分子鉴定, 其中 3 对引物可将其中的 36 个品 种区分开, 4 对引物可将所有品种完全区分; Kawchuk 等 [13]利用 3 对引物区分开 95 份马铃薯材料中 的 73 份; Ashkenazi 等 [14]利用其开发的 30 个 SSR 标 记中的 7 个来鉴定 12 个不同的马铃薯栽培品种, 结 果表明 2 个 SSR 标记即可将所有品种完全区分。 SSR 标记在马铃薯材料鉴定上的成功应用, 将十分有助 于马铃薯遗传资源的进一步挖掘和利用, 对知识产 权保护也起到了积极作用。 本研究表明, 我国近年审定的马铃薯品种从遗 传组成上差异小, 遗传基础狭窄, 与邸宏等 [15] 的研 究结论一致。我国育成品种的亲本资源绝大多数是 从国外引入的, 属于普通栽培种类型(S. tuberosum), 少数含有原始栽培种及野生种血缘 [16] , 后代遗传变 异停留于近交水平。本研究聚类分析表明品种的遗 传关系与来源的四大栽培区域有较为明显的关系, 同一栽培区域育成的品种在不同程度上聚在一起, 且同一育种单位育成的品种多聚在相同类群, 这可 能与同一栽培区域及各育种单位集中化利用亲本有 关, 此研究结果与邸宏等[17]的研究不符。这可能由于 邸宏等研究其遗传关系利用的是 RAPD 和 AFLP 技1456作 物 学 报第 35 卷Fig. 2图 2 88 份马铃薯供试材料的聚类结果 Dendrogram of 88 cultivars based on SSR analysis第8期段艳凤等: 中国 88 个马铃薯审定品种 SSR 指纹图谱构建与遗传多样性分析1457术, 而我国现有栽培马铃薯属于染色体基数为 12 的 四倍体(2n=4x=48)品种, 遗传上有极其复杂的异质 性, 染色体重组频率高, 后代分离程度大, 在某些 性状上表现为四体遗传, 而另一些可能表现为二体 遗传, 其遗传组成复杂 [16-18] 。四体遗传就某个基因 位点而言, 具有 4 个等位基因, RAPD 和 AFLP 主要 为显性标记, 其谱带只能反映不同马铃薯种质基因 组上的部分差异, 不能反映控制某一性状的全部基 因情况[15]techniques (RAPD, ISSR, AFLP and SSR) in tetraploid potato (Solanum tuberosum L.) germplasm. Euphytica, : 135?144 [7] McGregor C E, Greyting M, Warnieh L. The use of simple sequence repeats (SSRs) to identify commercially important potato (Solarium tuberosum L.) cultivars in South Africa. South Africa J Plant Soil, 7?180 [8] Barandalla L, Galarreta J I R D, Rios D, Ritter E. Molecular analysis of local potato cultivars from Tenerife Island using microsatellite markers. Euphytica, : 283?291 [9] Ispizúa V N, Guma I R, Feingold S, Clausen A M. Genetic diversity of potato landraces from northwestern Argentina assessed with simple sequence repeats (SSRs). Genet Resour Crop Evol, 33?1848 [10] Jones J R, Walker R T. Isolation and analysis of the deoxyribonucleic acid of Mycoplasm amycoides var. capri. Nature, 1963, (198): 588?589 [11] Ghislain M, Spooner D M, Rodríguez F, Villamón F, Nú?ez J, Vásquez C, Waugh R, Bonierbale M. Selection of highly informative and user-friendly microsatellites (SSRs) for genotyp-; 而本研究应用的是 SSR 标记, 是共显性标记, 以孟德尔方式遗传, 能较好地揭示供试材料 个体或群体内完整的遗传信息。本研究中有些聚类 分析结果与实际的亲缘关系不符合, 如中薯 9 号、 中薯 13 和中薯 14 均由夏波蒂和中薯 3 号后代系统 选育而成, 却被分在不同的组中, 其可能原因是所 用引物数量少, 扩增获得的多态性条带有限, 不能 充分表现材料本身的特异性。4结论以 6 对 SSR 引物组合构建了我国 ing of cultivated potato. Theor Appl Genet, : 881?890 [12] Feingold S, Lloyd J, Norero N, Bonierbale M, Lorenzen J. Mapping and characterization of new EST-derived microsatellites for potato (Solanum tuberosum L.). Theor Appl Genet, : 456?466年审定的 88 个马铃薯品种的指纹图谱。 发现近年来 我国审定的马铃薯品种遗传基础狭窄, 并且同一地 区育成的品种亲缘关系相近。 致谢: 对云南省农业科学院经济作物研究所、山西省 农业科学院高寒作物研究所、黑龙江省农业科学院克 山分院等 22 个育种单位提供试验材料表示感谢。[13] Kawchuk L M, Lynch D R, Thomas J, Penner B, Sillito B, Kulcsar F. Characterization of Solanum tuberosum simple sequence repeats and application to potato cultivar identification. Am Potato J, 5?335 [14] Ashkenazi V, Chani E, Lavi U, Levy D, Hillel J, Veilleux R E. Development of microsatellite markers in potato and their use in phylogenetic and fingerprinting analyses. Genome, ?62 [15] Di H(邸宏), Chen Y-L(陈伊里), Jin L-P(金黎平). Genetic diversity analysis of chinese main potato cultivars by RAPD and AFLP makers. Acta Agron Sin (作物学报), ): 899?904 (in Chinese with English abstract) [16] Jin L-P(金黎平). Genetic dissection of processing quality and important agronomic traits in diploid potato (Solanum tuberosum L.). PhD Dissertation of Graduate School of Chinese Academy of Agricultural Sciences, 2006 (in Chinese with English abstract) [17] Di H(邸宏), Chen Y-L(陈伊里), Jin L-P(金黎平). Genetic diver sity analysis of some Chinese cultivated potato varieties using AFLP markers. Acta Hort Sin (园艺学报), ):
(in Chinese with English abstract) [18] Spooner D M, Bamberg J B. Potato genetics resources: Sources of resistance and systematics. Am Potato J, 5?337References[1] Jin L-P(金黎平), Qu D-Y(屈冬玉), Xie K-Y(谢开云), Bian C-S(卞春松), Duan S-G(段绍光). Research progress of Chinese potato germplasm and breeding technology. Seed (种子), 2003, (5): 98?100 (in Chinese) [2] Norero N, Malleville J, Huarte M, Feingold S. Cost efficient potato (Solanum tuberosum L.) cultivar identification by microsatellite amplification. Potato Res, 1?138 [3] Demeke T, Kawchuk L M, Lynch D R. Identification of potato cultivars and clonal variants by random amplified polymorphic DNA analysis. Am Potato J, 1?570 [4] Jin G-H(金光辉). Germplasm analysis of main potato cultivars in China. Crop Germplasm Res (作物品种资源), 1999, (4): 12?13 (in Chinese) [5] Milbourne D, Meyer R C, Collins A J, Ramsay L D, Gebhardt C, Waugh R. Isolation, characterization and mapping of simple sequence repeat loci in potato. Mol Gen Genet, : 233?245 [6] McGregor C E, Lambert C A, Greyling M M, Louw J H, Warnich L. A comparative assessment of DNA fingerprinting
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