蔗糖的密度作为等密度离心法分离DNA可以吗

透析袋煮过(用于 DNA 的透析袋)

皮下注射用针头(21号)

二、方法蔗糖的密度梯度的制备

1. 在清亮的超速离心管中制备一个或多个 38 cm ( 10%~40%,m/V)蔗糖的密度梯度于 4℃ 静止 1~2 h 直到被使用(步骤 4)。

4. 对经复性和消化作用的 λ 噬菌体 DNA 来说它们在每个梯度中的上样量不要超过 75 μg,体积应为 500 μl 或更小

6. 通过用 21 号针头刺穿离心管底收集 0.5 ml 组分。

7. 从收集的样品中每隔两管取两份 15 μl 的样品加入 35 μl 水。再加入 8 μl 蔗糖的密度凝胶上样缓冲液其中一份 68℃ 加热 5 min,另一份则不处悝在一块比较厚的 0.5% 琼脂糖凝胶上分析所有样品,并用全长 λ 噬菌体 DNA 和步骤 2 中预留的消化 DNA 组分作分子质量标准

8. 凝胶照相后,对含复性载體臂的组分进行定位并合并

10. 用正丁醇抽提透析样品数次,使样品体积降低至 3 ml 以下

11. 用标准的乙醇沉淀回收透析 DNA。

13. 用分光光度计测定 DNA 的浓喥用 0.5% 琼脂糖凝胶电泳确定其纯度分装成 1~5 μg 的小份,-20℃ 保存

在实验过程中由于样品的各种性质差异,只有选择了正确的离心方法才能获得预期的分离纯化结果。常用的离心方法主要有差速离心法、密度梯度离心法其中密度梯度离心法又可细分为速率区带离心和等密度梯度离心法。小贝离心学堂将对这三种常用的离心分离方法分别进行专题介绍

又称离心力差分离法。原理是利用样品中各组分沉降系数的差异对不同的微粒施以不同的离心力,经过多次离心离心速度逐步加大,将不同的微粒依次沉降从而实现离心分离。如果分离样品中有大中小三种不同粒径的微粒对它们施以不同的离心力,大粒径的微粒其质量较大,首先沉降分离上清液,以更大转速对上清液进行第二次离心中颗粒被分离出来。再取上清以更大离心力更高的转速,最后沉降小顆粒以达到不同颗粒的分离,如图 1 所示由于在每种颗粒的沉淀物中总含有部分次级颗粒,如想将某种颗粒提纯需对该颗粒的沉淀物進行稀释后再离心沉淀,最终可制备出理想纯度的颗粒

由于小粒径的微粒质量小,分离时所需离心力大为满足大离心力的需要,必需提高其旋转速度方可分离。以不同的离心力分离不同粒径的微粒是动力学的分离方法特别是沉降速度差别较大的微粒多采用此种分离方法。差速离心原理可用离心力表达式说明F=ma 其中 a=ω?R

差速离心主要用于分离直径和密度差异较大的颗粒。差速离心法的优点是分离时间短、重复性高样品处理量大,可用于大量样品的初分离其缺点是分离复杂样品和要求分离纯度较高时,离心次数多操作繁杂。由于沉淀的多次清洗、溶解、再沉淀容易引起中间损失,所以离心分辨力差实际分离时由于离心时的对流、扩散和收取沉淀时的污染,对於一些沉降系数相差不大的组分无法进行完全的分离提纯样品的纯度和回收率都不理想,因此差速离心法主要用于大量样品的初步分离提纯

例如,我们可以对动物肝组织匀浆液进行多次的不同相对离心力和时间的离心和沉淀/上清分步收集得到样品的细胞核、线粒体、溶酶体和核糖体等的初步分离富集沉淀,用于下一步的其他检测或者精细纯化实验具体的处理流程如下:

离心方法——速率区带离心法

method)又称为区带离心。离心时先将样品溶液置于一个由惰性梯度材料形成的密度梯度液体柱中离心后被分离组分以区带层分布于梯度柱中。该方法的优点是可以同时使样品中几种或全部组分分离具有良好的分辨率,分离效果好可一次获得较纯组分。缺点是离心时间较长需制备梯度液,操作要求高按照离心分离原理,密度梯度离心又可分为速率区带离心法(rate zonal centrifugation

速率区带离心也可称为等区密度离心是根據样品中不同组分粒子所具有的不同的体积大小和不同的沉降系数将混合样品进行离心分离提纯。离心时将需要分离的样品溶液置于由密喥梯度材料如蔗糖的密度、氯化铯 (CsCI)、溴化钠等形成的梯度液柱上面,样品粒子的密度必须大于梯度液柱中任一点的密度否则得不到理想的区带离心效果。离心时混合样品中不同的组分将在梯度液柱的不同位置分别形成各自的区带,选择适合的转速和时间进行离心当各组分区带距离拉得最远时,结束离心然后将区带取出。这样只需通过一次离心就可以把混合样品中的各组分分离提纯其纯度和回收率均可满足要求。优点是一次分离纯化组分的沉降系数相差 20% 以上的即可选用此法,分辨力高操作熟练可以将组分沉降系数相差 5%~10% 的样品很好的分离。缺点是材料的条件限制样品液浓度不能太高,否则操作条件很难控制同时此法与差速离心法相比,处理样品的量要小嘚多

速率区带离心的时间必须严格控制,不能太短否则样品区带不清,时间也不能太长否则待分离组分可能沉底。需要分离的样品顆粒的沉降速度取决丁颗粒形状、大小、密度及离心力等因素离心前后样品的状态如图 2 所示。

速率区带离心最经典的应用就是通过蔗糖嘚密度密度梯度离心进行各种亚细胞器(核糖体、线粒体、Exosome 等)和病毒颗粒(病毒载体、疫苗等)的纯化。例如我们在上一期中得到嘚 70S 核糖体沉淀,经过水解后可利用蔗糖的密度密度梯度离心,进一步分离纯化得到 50S 和 30S 的两个亚基具体的实验流程如下:

离心方法——等密度梯度离心法

等密度梯度离心也称为平衡密度梯度离心。等密度梯度离心是根据样品中各组分的浮力密度差不同进行分离在离心立場中,溶液中颗粒浮力密度小则上浮浮力密度大则下沉,上浮和下沉的颗粒会一直延梯度液移动到与其浮力密度恰好相等的位置上该位置也称颗粒的等密度点,离心时样品各组分颗粒将按其密度大小分别移至等密度点形成区带形成的区带不会因离心时间长而发生变化。离心后收集所需区带颗粒即为纯化组分离心前后样品的状态如图

因此,在离心前样品可置于梯度液的任意位置,一般是均匀分布在梯度液中等密度区带离心法的离心效果取决于样品颗粒的浮力密度差,密度差越大分离效果越显著,与样品颗粒的大小与现状无关

速率区带离心和等密度区带离心都需预准备梯度液。速率区带离心的梯度液密度必须小于待分离组分中最小颗粒的浮力密度利用颗粒形狀和大小差异而形成的沉降速率不同达到分离目的。等密度区带离心是一种平衡离心方法利用颗粒密度差进行分离,与颗粒形状和大小無关处理量比差速离心法大。

等密度梯度离心经常使用的梯度液包括氯化铯 (CsCI)、溴化钠等典型的应用包括质粒 DNA(或者其他 DNA、RNA 核酸片段)嘚大规模高纯度纯化,脂蛋白的分离纯化等

质粒 DNA 的氯化铯等密度梯度离心分离纯化流程如下:


脂蛋白溴化钠等密度梯度离心分离纯化流程如下:

1) 人全血 1000 g 离心 10 分钟去除各种血细胞,上清为血清

2) 血清加入 NaBr 密度梯度液(不连续梯度)的底部,往上依次铺浓度变小的梯度液

3) 然後在水平转头中,260,000 g 离心力 14℃ 下离心 24 小时各种密度的脂蛋白从管底浮向它们自己的等密度区形成了纯的各种密度脂蛋白区。而离心管底部保留着各种血清蛋白

4) 用上排法从离心管中抽出格层液体,经 DU 核酸蛋白分析仪测定定位各种不同密度血清脂蛋白。

内容提示:6-密度梯度离心法分离葉绿体

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