首先我要谢谢您对浆细胞的回答!那么浆细胞含那么多合成各种抗体的基因.这些基因是不是突变产生的?
在浆细胞成熟以前,B细胞内编码抗原识别区的基因是随机重组的（你可以理解为一种类型的突变）.识别自身的细胞就被杀灭,无法识别抗原的都凋亡.每个成熟的浆细胞内只有一个合成抗体的基因.字数太少,只能说到这
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不是，是抗原和淋巴因子对B细胞的刺激产生浆细胞，不同抗原，浆细胞不同，是基因的选择性表达
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【原创】答复有关WB抗体选择问题&[精华]
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这个帖子发布于6年零339天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
近期老看园子里有问WB抗体如何选择的帖子现在想开一个帖子给站友提供抗体选择的参考请战友们列出以下数据1、蛋白名称：2、细胞还是组织：3、种属：比如人、大鼠、小鼠等常用抗体公司：Abcam（其实它自己不生产抗体，只是做检测后贴上自己标签外卖），Millipore，R&D，CST，Epitomics等等，抗体尽量不要选择所谓国内进口分装产品 我只是以我自己的经验给大家提供信息，仅供参考
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fangweibin119 edited on
ly 还有就是 不选用内参 选用marker 也行 是吗？谢谢说的详细点
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ly 谢谢版主！ 请问 我是做的SD大鼠 胰腺组织 HMGB1（高迁徙率族蛋白1）的WB
一抗选用 santa cruz的羊抗HMGB1抗体 二抗选用国产兔抗羊抗体 这样可以吗？ 蛋白分子量在30kd左右 谢谢！建议选用其它厂家的CST：/products/3935.htmlAbcam：/index.html?pageconfig=searchresults&search=HMGB&sk=prod&sv=1&sn=Primary%20antibodies&l=1&fViewMore=1二抗当然可以选择国产的二抗国产我可以通过短信息推荐给你如果订购一抗通过短信息告诉你
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ly 谢谢版主 一抗麻烦您给个联系方式吧 谢谢啦
我做目的蛋白 是不是不一定非得用内参啊？我看我们实验室的 没买内参 就用marker了 这样是不是可以啊 谢谢用内参严谨些如果你做定性可以不用内参内参与Marker不是一回事
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ly 哦，谢谢，那内参用的较多的是哪些呢？我是做的胰腺组织 核蛋白
内参也需要订购一抗吗？对，需要订购一抗内参也是一种蛋白表达比较稳定常用内参有：beta-actin，beta-tubulin，GAPDH核蛋白内参有：TBP等（如果提取总蛋白做的话可以用beta-actin，beta-tubulin，GAPDH作为内参）
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ly 谢谢版主：）我是用RIPA直接提的蛋白，提出来的应该就是核蛋白吧？ 按照您的意思 我是不是可以理解为 我选用 TBP 就可以了啊 TBP蛋白分子大小在38kd 我目的蛋白分子大小在30kd左右 这样跑时 能跑的开吗？ 谢谢！提取是总蛋白
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好实验顺利
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呵呵你说的非常对这也只是看园子里老是有战友们问抗体选择的事才想起来弄这一个帖子请批评指正哈争取以后如你所说能把整个版面搞起来另外抗体的选择只能提供一些参考也不能一定就是怎样，对不？“迷信”任何一家公司的抗体我认为都是不好的
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liuyuqiu 还有一副图是买试剂还是抗体？
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文献已经看了这些东西你都要从头准备吗？在我的个人资料里有QQ号码
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必有我师 做SD大鼠脑组织水通道蛋白4（AQP4）的WB用什么做内参较好，抗体用什么的不知道你要提取总蛋白来做还是提取膜蛋白来做？
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wuushark 呵呵,从我买过十几家抗体经验,SANTA CRUZ与Abcam完全没有可比性,ABCAM是高档货,SC是中低档,这两者非要放在一起比,估计难比.但我个人对SC的产品再没有兴趣了,买过它们的WB的抗体,买过组化的抗体,都失败了,连阳性对照都出不来.所以,如果经费许可,还是abcam吧.目前,生物公司的产品基本上还是一分钱一分货的.基本赞同你的说法但也不是绝对的呵呵
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gunzi LZ给出抗体的链接对于实验其实并不能解决多少问题。抗体的选择，不应该是讨论哪个公司相对好，哪个公司性价比高，这些是总体而言的概念。而针对具体的蛋白，哪个抗体好用，就用哪个公司，不论是国产还是进口，也不论是sigma，，SC,CST，还是博士德。那么到底哪个公司的好用呢，第一，周围的人谁在用，说好用的。这是最有效的，因为一般人家没必要骗你。第二，看文献，多数文献，尤其是质量高的文献中用的是哪个公司的哪个货号。这样才能最有可能一次买到好的抗体。交流才是获得好用抗体的最佳途径。至于公司，很多公司都有自己的好产品，如simga公司的M2,invitrogen公司的V5等，抗体的选择最忌讳的是一定要买哪个公司，觉得这个有些产品好，以后无论做什么蛋白都优先使用这个公司。抗体的选择就是只选对的，不选贵的。呵呵说的好我也只能给个建议
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没想到讨论还是很激烈的我认为既然要把实验做好，我们就应该认真对待每一个步骤不对的地方大家要积极讨论，但别带有大的攻击性
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利多卡因智 我最近想做人细胞cyclin D, cyclin E, hTERT的蛋白WB,哪位推荐下比较好的抗体公司？谢谢cyclin D1我用过这个抗体，效果还行吧，提取的是胞核蛋白，用的是这个抗体：/products/products/Cyclin%20antibody%.htmlcyclin E是E1还是E2？hTERT蛋白可以看看这个：/Telomerase-antibody-ab63370.html这三个蛋白都是细胞核定位的，因此建议采用胞浆、胞核蛋白抽提试剂提取胞核蛋白
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nhdxysh fangweibin119版主：您好！我准备做免疫印迹实验，现就有关总蛋白提取的一些问题想向您请教下。有些文献上介绍提取总蛋白时候需要加入多种蛋白酶抑制剂（即Cock tail蛋白酶抑制剂；但有些文献的介绍中仅仅加入PMSF和DTT两种即可；而有些文献介绍说将组织反复冻融3-5次即可。我有点迷糊了，到底是需要加还是不要加蛋白酶抑制剂呢？如果需要加的话有什么原则和要求？谢谢斑竹了！！1，反复冻融也是一种蛋白提取的方法，不过我没有用过。条件允许你可以试试2，不知道裂解液是你自己配制的还是买的商业化的？一般买的裂解液中都会有一些蛋白酶抑制剂，在抽提蛋白的时候我建议加入蛋白酶抑制剂的cocktail，同时PMSF是不能少的，PMSF要现用现加，浓度1mM
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澳洲 您好：我想向您咨询一下我研究的这个蛋白应该怎么选择抗体。谢谢！1、蛋白名称：ZNRD12、细胞还是组织：猪卵母细胞3、种属：猪没找到这个抗体不好意思
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曾书燚 请问版主，我用的是SD大鼠的心肌标本，那种一抗二抗怎么选择的啊，什么羊抗兔，羊抗鼠这种是什么意思的啊，谢谢一抗选择能与你的种属来源起交叉反应的二抗选择：如果一抗来源是小鼠，二抗选择什么抗小鼠，以此类推
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hounelson 我想做小鼠胰腺中胰岛素原的表达情况，楼主能就一抗的选择给我些建议么？请把英文名称挂上来
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lscddboy 感谢版主热情的帮助，我的WB1、蛋白名称：磷酸化CREB2、细胞还是组织：脑组织3、种属：大鼠请提供个抗体（一抗和二抗）和内参的选用参考另外，还请推荐个该组织得裂解液和具体配方。谢谢！1，可以用提取总蛋白来做2，内参常用的三种都可以选择：beta-actin，beta-tubulin，GAPDH3，/ecommerce/search/results.jsp网页中：，都可以选择这个网址也有很多可以选择4，二抗选择国内的就可以详情请短信息联系
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kexia Hif-1a细胞 人源的谢谢了我刚用过一个Epitomics的HIF-1 alpha结果不错
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myc1104 感谢版主热情的帮助，我的WB1、蛋白名称：eNOS2、细胞还是组织：脑组织3、种属：兔请提供个抗体（一抗）和内参的选用参考谢谢！对不起能用于做兔子的抗体很少抱歉
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niu_BAOBAO 版主，你好，我有问题想请您帮忙：1、蛋白名称：retinol binding protein 42、细胞还是组织：细胞3、种属：小鼠我想求的是这个蛋白，不是要抗体，您看能帮忙找找吗？谢谢了！参考这个链接：/ProductListings/16563/Biomolecule-Search.html?s=retinol+binding+protein+一般都是重组蛋白
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superr9 请教：1、蛋白名称：IL-6，MMP1，IFNG2、细胞还是组织：组织（目的蛋白：胎盘）3、种属：比如人、大鼠、小鼠等：人，最好小鼠也可以IL-6 abcam6672；IFNG abcam9657，MMP1 sc21731我都订过了，都不行麻烦版主帮忙搜寻这3个因子的抗体，多谢！你是做WB？
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pacemakerliu 蛋白名称：兔髓核细胞BNIP3、AIF、HIF-1alfa、EndoG但发现做兔子的抗体特别的少，大家有没有做兔子实验的，抗体怎么买呢？谢谢！一般用兔子来做的抗体较多，所以能用于兔子本身的一抗很少，因为存在交叉反应另外兔子并不作为模式动物BNIP3与HIF-1alpha有能用于兔子的其他两个蛋白没找到
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fangweibin119 edited on
lt1685 我是博奥做抗体的都是关于肿瘤方面的，我么自己觉得做的挺好，怎么就是没人买啊？可能是推广的不行吧而且现在国内的厂家把名声搞得不好我想你应该有所了解但是我坚信：只要是好东西迟早都会得到认可的我们需要一起加油那以后有什么需要的抗体我跟你短信息联系？不过我会需要一些详细的信息
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taco2008 蛋白：IL-4、IL-5、IL-10、INF-r鼻黏膜组织BALB/c小鼠做WB，用santa cruz的一抗可以吧？有没有什么特殊要求啊？我一直都没有做出来~~
%&_&%这几个都是分泌型蛋白你用来做WB肯定是有一定难度的因为不知道目的蛋白有没有
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baoyuanfei 版主好人，我正准备买抗体！谢谢啊1、蛋白名称：人胰岛素样生长因子2（IGF-Ⅱ）2、细胞还是组织：人肝癌细胞hepg23、种属：人1、要做WB吗？2、IGF在细胞中是合成后分泌在细胞培养液中的，如果直接提取细胞蛋白来做恐怕不好做3、抗体选择你可以上Abcam上看/index.html?pageconfig=searchresults&search=IGF&sk=prod&sv=1&sn=Primary%20antibodies&l=1&fViewMore=1#具体的我还没帮你查你先确定能不能做
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焊接棵 分泌型的蛋白为什么不好做？我现在也是在做分泌型的蛋白的western，没有做出来,已经重复N次了。版主能否给我解释下。另外，能否给我点好的建议。谢谢!分泌型蛋白从字面上理解就是：在细胞内合成后分泌到细胞外如果做细胞培养的话蛋白就分泌在培养上清中，在上清液中的蛋白做起来难度就很大了
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kenpall0422 我刚开始做WB实验，购买了cell signaling 的一抗，一共是100ul，请问如何分装？抗体到货时候是冰冻的，-20度保存，请问版主分装有什么注意事项？CST抗体在-20度不冻结不用分装保存
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minjing77 我做sD大鼠，想选一个抗人FGF21的抗体，请问哪个公司的抗体合适？我想要单克隆的，谢谢推荐FGF2与FGF21有区别吗？为什么非要选择单克隆抗体呢？这里有两个/ProductListings.aspx?s=FGF2&sp=0&c=3194&types=1-4.2-24.3-42.4-44346
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meiguangying 1、蛋白名称：CYP3A2、细胞还是组织：肝细胞3、种属：大鼠你好！信息如上，谢谢你帮忙啊，不甚感激~另：不要SANTA CRUZ 的蛋白有：CYP3A43、CYP3A7两种，不知道你要选择哪种请参考以下链接
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minjing77 fgf2和fgf21是fgf家族的两种蛋白，功能完全不一样，有一定的同源性。请参考上次给你的链接
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zifanqie_00 请问楼主，我直接提取的是核蛋白，想用TBP蛋白做内参，行吗？这是我在相应论坛上看到的，可是我一直没找到用TBP做核蛋白内参的文献，这个对我的实验有说服力吗？还有如果购买，买哪个公司的好些？如果不行，您有什么别的建议吗？谢谢提取核蛋白还是总蛋白做？你做的这个目的蛋白应该一般是提取总蛋白来做所以你找不到TBP内参的文献
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疾病相关基因研究专区
目前多种疾病均发现与遗传学有关，包括高血压、糖尿病、心脏病、自身免疫病等。这些疾病一般均为多基因共同作用所致，对其进行研究有助于揭示疾病的发生机制，对疾病治疗也有益处。强烈建议设立基因研究专区，包括研究方法、常用技术、文献资料等。介绍一种用于研究单核苷酸多态性的方法：
>微卫星连锁不平衡定位
应用连锁不平衡途径对疾病相关区域进行精细定位，是目前多基因病研究中最新手段之一，有报道已成功应用在多基因疾病中。通过发现阳性的微卫星标记, 可以寻找与之存在连锁不平衡的致病基因。由于人类基因组计划的迅速发展，核酸数据库，基因的遗传、物理及转录表达图谱已趋完整，也为之提供了染色体侯选区域内高密度的遗传多态性标志的信息。微卫星多态性在遗传学上有重要价值，利用它作为标记进行基因分型，调查其在不同人群中的分布情况 ，可能发现位于其附近的表现特定人群特征的易感基因。今天谈谈复杂的多基因疾病遗传特征(原创）：
1.低外显或不完全外显
就是说携带有某种疾病易感表型者不全部发病甚至发病率很低。致病基因决定了疾病的易感性，但没有任何一个特定的基因为发病所必需或是可单独导致疾病。
2.遗传异质性
遗传的复杂性还与遗传异质性有关，同一疾病或表型是不同基因和/或等位基因型联合作用的结果，不同患者相同的临床表现由一组致病基因的不同组合所决定。
3.表型模拟
一些个体并不携带有疾病相关等位基因，但亦可能会发病。
4.多基因遗传
复杂的性状不管生理条件下还是在遗传性疾病中都是由多种基因所控制。其中有些基因对性状的影响大，有些影响则较小。易感等位基因可各自独立的发挥作用，还可存在上位性相互作用。
5.非遗传因素
尽管遗传背景一致，大多数情况下同卵双生子中仅只有一人患病，说明其它因素也参与疾病发生。这些因素可归结为疾病相关的环境差异及个体发育过程的差异，它们的差异性越大，疾病的遗传因素越不容易显现。芯片技术介绍
芯片技术是90年代兴起的一项分子生物学技术。基因芯片又称DNA芯片，指以许多特定的寡核苷酸片段或基因片段作为探针，有规律地排列固定于支持物上，与待测的样本基因以碱基配对原则进行杂交，通过激光共聚焦荧光检测系统扫描杂交芯片，再以计算机分析各点的荧光强度，获得所需信息。芯片技术为明确特定疾病群体、特定组织及细胞的基因表达模式提供了有效且迅速的方法，但昂贵的价格限制了其应用范围。此外，目前该技术也用于大规模SNP的筛选鉴定。上周在SHGC参加会议，听到我国SAGE研究已有初步成效。SAGE国外已开展多年，方法上与基因芯片相似，需先构建一个包含全部基因特定序列的克隆库，这一步是难点。与芯片技术相比，该技术依赖于测序技术，据说对研究低丰度的基因表达较为有利。对此感兴趣的请看附件。
51395-SAGE.talk.pdf (45.45k)疾病基因克隆的策略及主要方法
申海鹰 周元国（第三军医大学野战外科研究所分子生物学中心，重庆400042）
疾病基因的分离和克隆是功能基因组学的研究热点，具体策略的选择取决于疾病背景资料的掌握程度，为能快速、准确地克隆出目的基因，本文介绍两类常用的基因克隆策略――定位克隆策略、功能克隆策略――及其主要方法，如：家系连锁分析、等位基因共占法、人群相关分析法、抑制性消减杂交、差示反转录PCR、差异消减显示法、代表性差异分析法、比较基因组杂交等，并作简要的评价。
基因；定位克隆；消减杂交
学科分类号
Strategies and methods for cloning pathogenic gene SHEN Hai-ying, ZHOU Yuan-guo. (Center of Molecular Biology, Research Institute of Surgery and Daping Hospital, Third Military Medical University, Chongqing 400042)
Abstract Isolation and cloning of pathogenic gene is a hot spot in functional genome study, while it is the disease background which decides the selection of the strategies. Two strategies, mapping strategy and functional cloning strategy, which can clone the objective gene rapidly and accurately were introduced. Some main methods including family-based linkage analysis, allele sharing method, population association analysis, suppression subtractive hybridization (SSH), differential display reverse-transcription PCR (DD-RT-PCR), differential subtraction display (DSD), representational difference analysis (RDA), comparative genome hybridization (CEH) were elucidated briefly.
Key words: G M Subtractive hybridization
基因组全序列测定可望提前完成，而以功能鉴定为中心的功能基因组学应运而生，将人类5~10万个基因定位及克隆是一项庞大而艰巨的任务。自1911年Wilson将色盲基因定位于X染色体起，随着连锁分析方法的发展和体细胞杂交、重组DNA、分子杂交以及PCR技术的发现和应用，陆续出现了几种改进或全新的遗传学基因定位和克隆方法。与此同时，另一类以消减杂交为基本原理的代表性差异分析、基因组错配扫描、比较基因组杂交及mRNA差示等方法的出现和应用，使一些多基因遗传病相关致病基因的筛查和定位面临突破。迄今为止，约有5000个遗传性状被定位，其中400多个为致病基因［1］。根据不同的背景资料，人类基因克隆可采取的思路有以下四种（见附图）：
目前人类基因克隆的主要策略有三种：一是反向遗传学定位克隆策略，它通过RFLP、微卫星DNA等遗传标记，先获得某一表型基因在染色体上的定位，再在候选区域内选择已知基因，进行致病突变的筛选，并获得cDNA及全基因；另一类是从蛋白质功能着手的功能克隆策略，采用以消减杂交为策略的多种分子生物学手段，先通过消减获得特异表达或缺失的基因片段，然后进行染色体定位乃至获得全基因。本文拟就前两种主要策略和各自方法的优缺点作一介绍和分析。此外，尚有介于两者之间的候选克隆策略，包括定位候选克隆和功能候选克隆，前者是在将疾病基因以连锁分析和染色体分析基本定位以后，再在候选区域内选择所有已知基因进行致病突变的筛选。后者是根据致病基因的可能功能，检测Genbank中的基因功能区域，将含有接近功能域的基因用于致病的突变检测。
定位克隆（positional cloning）策略
其基本思路是通过连锁分析（linkage analysis）原理进行基因定位。若多态标记与待定基因距离较远，则它们在向子代传递时会发生自由分离，呈“连锁平衡”；反之，则不发生自由分离，而呈现“共分离（co segregation）”现象，即“连锁不平衡”。据此可在染色体上定位与某一DNA标记相连锁的基因。两基因间连锁程度以遗传距离表示：1厘摩(cM)=1%重组率，即1000kb。DNA标记的选择经历了从致病基因→ABO、HLA多态位点→RFLP→微卫星DNA的发展过程。微卫星DNA（microsatellite DNA），是一种遍布于真核基因组的短重复序列、长度2~10bp之间、按孟德尔方式遗传、呈高度多态，能进行PCR扩增。除DNA标记的进展外，基因定位也得益于连锁分析方法和理论的改进，目前主要有：家系连锁分析、等位基因共占法及人群相关性分析等。
1.1家系连锁分析（family-based linkage analysis）法
是以二代或二代以上的家系材料为基础，观察标记位点与疾病致病基因位点在家系内是否呈共分离，并计算出遗传距离及连锁程度。目前最常用的方法是优势对数计分（Lods）法，Lod值代表两位点连锁的机率与不呈连锁的机率比的对数值，&3肯定连锁，&－2否定连锁，介于1与－2之间则需增加家系材料。该法优点在于对连锁的判断能力强，能确定连锁程度，适于呈孟德尔遗传、外显率高、纯一的单基因突变病分析［2］，如糖尿病中的一种亚型MODY及少数呈多代多发患者的IDDM及NIDDM家系。缺点是需要完整的系谱材料，结果受遗传模型设定的影响，对遗传参数如基因频率、基因传递率、外显率及表型模拟率等依赖较大，故对一些复杂多基因疾病进行家系连锁分析很难获得满意结果［3］。
1.2等位基因共占（allele sharing method）法
基于观察受累同胞或家系成员间标记位点等位基因的共占情况［4］，即来源于同一祖先的致病基因由受累的亲属共占的机率大于随机分布的机率，包括受累同胞对（Affected sib pair, ASP）分析及家系成员（APM）分析。在ASP中，当标记位点与疾病无连锁时，双亲的标记位点等位基因随机分配给子代；若存在连锁，则受累同胞间共有等位基因机率将高于连锁时的预期值。APM是ASP的延伸，通过观察家系内所有患病成员标记位点等位基因的共有情况，来提高每个家系的信息量。原则上，若具备双亲样本材料，可据此判定受累同胞的相同等位基因片段是否同源，即传递一致性（identical-by-descent, IBD）分析；若无双亲资料，则只能通过同胞间等位基因比较来推测其是否共有，即状态一致性（identical-by-state, IBS）分析。若双亲均为纯合子以致判断困难者，可经统计处理用最大拟然实验估测出最可能的传递情况［5］。
该法优点是：①不受遗传模式等遗传参数影响，为非参数分析法；②对系谱材料要求低，只需一代或二代的家系内患病成员资料，而不需非患病成员资料；③可进行定量性状研究［6］；④可研究两个不相连锁位点对疾病的联合作用，以解决复杂病易感基因间的相互关系；⑤对遗传异质性容许度大；⑥在候选基因研究中可应用间距较远（～20cM）的标记，故特别适合多基因遗传病及参数情况多数未明的复杂病研究。采用此法已发现在染色体6p24-22区域存在起很小效应的精神分裂症致病基因。缺点在于：①对连锁的判别效能弱于家系连锁分析，不能确定连锁程度；②检出力低于相关分析；③若家系中双亲均为患者的机率较高时，因易感基因可由双亲传递给子代，会影响分析正确性。
1.3人群相关分析（association analysis）法
原理是在一定人群中设置患者组和对照组，在可能的候选致病基因附近选择遗传标记，通过观察标记位点与致病基因位点间存在连锁不平衡现象，得到某一遗传标记和引起疾病基因关联的相对危险度，又称连锁不平衡定位（linkage disequilibrium mapping, LDM）法［7］。显然，标记位点与致病基因越近，且突变率越低，杂合度越高，则用标记检测致病基因位点的机率越高。LDM法假设在人群中某一致病基因起源于同一远祖，经过若干代的传递，那些与致病基因紧密连锁的基因或DNA标记被一起分配到不同的患病个体。研究那些表面上无亲缘关系的患者是否有相同的DNA标记的等位基因，根据该DNA标记可以得到待研究基因在染色体上的定位。LDM法适合在人口流动极小，相对同源的人群中进行。该类人群遗传背景及环境相近，但患者间亲缘关系远（较家系分析而言），故其连锁不平衡作用大，此时定位基因所需遗传标记及研究的患者数较一般人群相关性分析少。
其优点有：①无亲缘关系患者样本容易随机采集，并完全符合群体中疾病的临床谱；②为非参数分析；③检出力高于家系连锁分析，在复杂病研究中不但可以检出主效基因，而且可以检出相对风险率小于5.0的次效基因；④检出的相关位点与致病突变的距离多在1cM以内，而家系连锁分析则为2～10cM；⑤可提示相关位点或基因的传递方式及效应性质（致病或保护作用），并可由亚组分析发现疾病的遗传异质性。但相关分析亦有缺点：在种群组成差异的两组间，会因标记位点等位基因频率及易感基因频率差异导致假阳性结果，即群体分层（population stratification）现象。对此，一些新的研究方法如：患者家系对照者分析（affected family-based control, AFBAC）、单倍型相对风险率分析（haplotype relative risk, HRR）以及倍受推崇的家系传递连锁不平衡检验（transmission disequilibrium test, TDT）得以应用。
TDT法是在家系内进行相关分析［8］，观察双亲（至少一个为杂合子）是否有某种等位基因传递给患者的频率明显增高，而呈现连锁不平衡。TDT有以下优点：①可完全消除种族分层引起的误差；②可用于分析父、母在基因传递上的差异，如遗传印记（imprinting）的影响；③可分析相关位点参与发病程度及基因间相互关系，TDT法的应用解决了胰岛素基因是否与IDDM相关的长期争论。但TDT也有不足：①中老年发病的患者不易取得其双亲标本；②疾病异质性将明显降低其检出力，可按疾病病理性状分成亚组或直接研究该性状的相关位点，将有助于解析疾病的易感位点；③部分疾病因外显不全而发病晚，对照群体内可存在部分易感基因聚集但尚未发病的个体，以致影响检出力，可用高龄个体为对照来改善；④距候选基因较远的标记（&100kb），不能用于TDT分析。
1.4 cDNA筛选
染色体定位只是定位克隆的第一步。由于cDNA筛选、确认的困难，使其成为定位克隆策略的“瓶颈”所在。目前获得基因序列的方法大致有［9］：①对&500kb的关键部位进行直接测序；②比较基因组作图和测序；③基因结构特征分析，有关的信息可以从ies. Proc Natl Acad Sci U S A, 1996 Jun, 93:12, 6025-30
Zylka MJ; Reppert SM. Discovery of a putative heme-binding protein family (SOUL/HBP) by two-tissue suppression subtractive hybridization and database searches. Brain Res Mol Brain Res, 1999 Dec, 74:1-2, 175-81
Verkoczy LK; Berinstein NL. Isolation of genes negatively or positively co-expressed with human recombination activating gene 1 (RAG1) by differential display PCR (DD RT-PCR). Nucleic Acids Res, 1998 Oct, 26:19,
Pardinas JR; Combates NJ; Prouty SM; et al. Differential subtraction display: a unified approach for isolation of cDNAs from differentially expressed genes. Anal Biochem, 1998 Mar, 257:2, 161-8
Ying SY; Lin S . High-performance subtractive hybridization of cDNAs by covalent bonding between specific complementary nucleotides. Biotechniques, 1999 May, 26:5, 966-8, 970-2, 979 passim
Zhu S, Wu M. Enrichment of DNA fragment for deleted sequences in human genome with nuclease S1 digestion and PCR amplification. Nucl Arids Res.,2428-9
Cheung VG; Nelson SF. Genomic mismatch scanning identifies human genomic DNA shared identical by descent. Genomics, 1998 Jan, 47:1, 1-6
Morrow BJ; Graham JE; Curtiss R . Genomic subtractive hybridization and selective capture of transcribed sequences identify a novel Salmonella typhimurium fimbrial operon and putative transcriptional regulator that are absent from the Salmonella typhi genome. Infect Immun, 1999 Oct, 67:10, 5106-16
Helou K, Lu XC, Montelius-Alatalo K, et al. A dual-color FISH framework map for the characterization of the Sai1 tumor suppression region on rat chromosome 5. Genes Chromosomes Cancer ):362-72
Zeschnigk M, Horsthemke B, Lohmann D. Detection of homozygous deletions in tumors by hybridization of representational difference analysis (RDA) products to chromosome-specific YAC clone arrays. Nucleic Acids Res 1999 Nov 1;27(21):e30后基因组时代：DNA与人类疾病
Kevin Davies
杨明 摘译自Cell,
"[人类基因组计划]就象把人类送上月球。但把人送回地球远比把他送到月球上难的多。现在我们需要把人类基因组送回到研究中来。"
Sydney Brenner15年前，Duchenne肌营养不良、慢性肉芽肿和视网膜母细胞瘤等疾病基因的相继克隆，标志着人类疾病基因研究进入了"反向遗传学"或"定位克隆"时代。定位克隆策略主要是根据疾病的细胞遗传学线索而非相应蛋白质的功能去鉴定基因。
随着人类基因组计划比预期提前近五年完成，遗传学研究开始了一个暂新的篇章。本月，两支队伍同时发表了人类基因组几乎全部的32亿碱基对序列（国际人类基因组组织，2001；Venter等，2001）。识别人类全部基因、大规模测定蛋白质三维结构、研究蛋白质相互作用网络和阐明信号传导通路，将从根本上深化我们对于细胞生命过程的理解。在医学研究上，人类基因组序列的公布促进了超过30种疾病基因，包括耳聋和癫痫基因的识别。DNA与疾病
人类疾病基因研究正处于从鉴定少数单基因病基因到鉴定严重危害人类健康的复杂性疾病易感基因这一重大飞跃的历史时期。
对复杂疾病的相对罕见的单基因形式的研究，已经极大的深化了我们对疾病基本病理生理过程的理解。或许没有哪个疾病领域能象高血压一样从这个方法上如此获益。在过去十年里，20种基因突变已被证实与遗传性高血压和低血压相关。
幼年型糖尿病（MODY）基因的发现也证明基因定位方法在糖尿病研究中发挥了重大作用。跟踪Ⅱ型糖尿病复杂性状初始得益于对墨西哥裔美国人的遗传学分析和对于使用孤立人群来处理复杂性状的遗传学证据。
1994年通过定位克隆发现leptin引发肥胖症的研究取得了异乎寻常的进步。最近在肥胖症高发的Kosrae岛上的遗传学研究发现，leptin信号传导通路中黑皮质素-4受体在肥胖个体中有5％的突变率，为肥胖症研究带来新的兴奋。
突发性心脏病在美国每年引起大约250，000人的死亡，通常没有任何前兆。十年前发现了肥大性心肌病患者的一组肌节蛋白基因突变。目前已知道10个这样的位点。包括在1号染色体上发现的lamin A/C基因。
最近关于长QT综合症的6个基因已被识别，包括HERG，它编码心脏钾离子通道蛋白。药物诱导的心率失常病例也被认为与HERG蔽塞有关。这一发现使药物遗传学受益，有助于防止获得性长QT综合症个体暴露于相应药物中。
最近发现，在幼儿中由大面积胆固醇沉积导致的桔形扁桃体这种退行性疾病的病因是ABC A1胆固醇转运子基因的突变。这一发现对于动脉粥样硬化研究十分重要。动脉粥样硬化同样受益于对肿瘤坏死因子（TNF）和TNF受体超家族的研究，该项研究提供了发现基因家族成员的宝贵例证。
基因识别只是研究的第一步。1993年就在家族性肌萎缩侧硬化的超氧化物歧化酶中发现了突变，但我们至今不了解它的病理过程，甚至对这种疾病的散发形式也不太明了。1990年发现神经纤维病Ⅰ型肿瘤抑制因子基因，其后开展了大量研究，但它在Ras调节中的作用仍缺乏理解。
随着人类基因组的公布，目前已公布的微生物基因组序列超过了40种。从提供人类疾病线索的角度来看，病源微生物基因组的研究更加重要。例如结核病潜在感染全球人口的三分之一。疾病中宿主和病毒基因组变异的作用也用于AIDS的研究中。
"序列仅仅是个开始…"
请注明在CELL上的出处!便于查询!前文出自Cell, Vol 104, 465-467, February 2001，俺将原文放在附件中。
52186-CELL.104_4_465.278.pdf (125.12k)实时荧光定量PCR原理
&&&&所谓实时荧光定量PCR技术，是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
Ct 值的定义
&&&&在荧光定量PCR技术中，有一个很重要的概念 ―― Ct值。C代表Cycle，t代表threshold，Ct值的含义是：每个反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数
荧光域值（threshold）的设定
&&&&PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号，荧光域值的缺省设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍，即：threshold = 10 & SDcycle 6-15
Ct值与起始模板的关系
&&&&研究表明，每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系，起始拷贝数越多，Ct值越小。利用已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线，其中横坐标代表起始拷贝数的对数，纵坐标代Ct值。因此，只要获得未知样品的Ct值，即可从标准曲线上计算出该样品的起始拷贝数。
&&&&荧光定量PCR所使用的荧光化学可分为两种：荧光探针和荧光染料。现将其原理简述如下：
1）TaqMan荧光探针：
PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，Taq酶的5’－3’外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。
2）SYBR荧光染料：
在PCR反应体系中，加入过量SYBR荧光染料，SYBR荧光染料特异性地掺入DNA双链后，发射荧光信号，而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号，从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。
内标对荧光定量PCR的影响
1．实时荧光定量PCR无需内标
&&&&实时荧光定量PCR技术有效地解决了传统定量只能终点检测的局限，实现了每一轮循环均检测一次荧光信号的强度，并记录在电脑软件之中，通过对每个样品Ct值的计算，根据标准曲线获得定量结果。因此，实时荧光定量PCR无需内标是建立在两个基础之上的：
1）Ct值的重现性
PCR循环在到达Ct值所在的循环数时，刚刚进入真正的指数扩增期（对数期），此时微小误差尚未放大，因此Ct值的重现性极好，即同一模板不同时间扩增或同一时间不同管内扩增，得到的Ct值是恒定的
2）Ct值与起始模板的线性关系
由于Ct值与起始模板的对数存在线性关系，可利用标准曲线对未知样品进行定量测定，因此，实时荧光定量PCR是一种采用外标准曲线定量的方法。
2．内标对实时荧光定量PCR的影响
&&&&若在待测样品中加入已知起始拷贝数的内标，则PCR反应变为双重PCR，双重PCR反应中存在两种模板之间的干扰和竞争，尤其当两种模板的起始拷贝数相差比较大时，这种竞争会表现得更为显著。但由于待测样品的起始拷贝数是未知的，所以无法加入合适数量的已知模板作为内标。也正是这个原因，传统定量方法虽然加入内标，但仍然只是一种半定量的方法。动物模型一（原创）
遗传均一性模型
指在单一基因位点上遗传学性质完全相同的一组动物。将具有特定位点的具某一性状动物品系与正常动物品系杂交，子代再与亲代的正常品系进行回交，在传代12－20次后的动物中可认为除了该位点为具某性状品系与正常品系杂合外，其它的遗传信息均来源于正常品系。这样使复杂的遗传信息得以简化，在疾病的动物模型中，假定一段染色体区域与一种特定的性状相关，则可应用该方法获得除该位点外其它遗传背景均一致的动物，观察其所表现的性状。该方法的缺点是耗时长，近来已对之进行了一些改良。Wakeland在1997年提出标记辅助的选择方案（MASPs），以遗传标记对子代进行基因组扫描，选择遗传背景最接近于正常亲代的进行回交，获得遗传均一性动物只需5代左右。请问主任和各位战友，在基因组图谱完成的今天，对于疾病相关基因的定位和克隆（单基因病）带来哪些变化？
祝大家新年好对于经典的单基因病，大多数致病基因已经找到。
前期Science上有一篇文章，是做房颤相关基因的，研究的是算是单基因病，这应该是当前单基因病研究的方向吧。但这些家系是可预而不可求。风起的时候 wrote:
请问主任和各位战友，在基因组图谱完成的今天，对于疾病相关基因的定位和克隆（单基因病）带来哪些变化？
祝大家新年好
基于EST数据库的电子拼接（电子克隆）与DD-PCR或基因芯片结合，可用于疾病未知基因的发现，再结合生物信息学手段，可以进行基因及其表达产物的结构分析和功能研究。天天 wrote:
基于EST数据库的电子拼接（电子克隆）与DD-PCR或基因芯片结合，可用于疾病未知基因的发现，再结合生物信息学手段，可以进行基因及其表达产物的结构分析和功能研究。
站长大人，关于您说的这个方法有没有相关的资料？有的话烦您发给我好吗？我的信箱：li_ 谢了天天站长，能否把你所说的发现疾病相关基因的研究方法说的在具体点？
我就与了解这方面的信息。我想应用基因芯片技术来用于青光眼的致病基因研究，青光眼是一类多基因相关的疾病。
请问我应该如何应用基因芯片技术来进行研究？是不是我要先根据已知的基因序列信息设计出正常的基因库，在用这一库内的信息定制基因芯片？然后再用来比较患者家系成员基因与此的差异（变异）？还是别的思路？
我对这一技术还是刚刚接触，所知甚少，请各位战友指点，非常感谢！国内目前在进行多基因病致病基因克隆方面好像尚没有采用基因芯片的。一个原因是费用不非，另一个原因基因芯片的技术尚不完善。传统方法是通过DD-PCR或抑制削减杂交，以正常人组织和患者组织为对比，拿到患者特异表达的片段（EST），然后通过5'RACE或cDNA筛库，设法调取该片段的cDNA全长，但费时费力，而且由于cDNA文库的质量问题，有时候即使筛库，也不一定拿到全长。
基因芯片一般多用于表达谱分析，在疾病基因查找方面，我个人觉得可以取代DD-PCR的工作，通过点样法制备cDNA芯片，然后提取患者组织的总RNA，制备探针，与芯片杂交（通过内参照和重复block做质量控制），结果扫描分析，得到特异表达的片段。估计假阳性可能比较高。northern验证有组织表达特异性后，将得到的片段做针对human EST的搜索，找出相似性高的片段，然后通过计算机的电子拼接，设法延长目的EST，幸运的话可以得到cDNA全长，如果延长不下去了，可以做5'RACE以补充5'的gap。
不对之处请指正！多谢maxon战友和天天站长！
我现在可以说是在临时抱佛脚了，因为老板要我出一份基金申请书，所以这两天在硬着头皮查资料，构思课题，因为怕走错了方向浪费时间，所以想让各位高手指点。
我现在已经想到了如下步骤，请教一下是否行的通：
目的：分析POAG患者小梁细胞基因表达的异常，从中找出异常表达的基因并克隆、测序，分析这些异常表达基因与POAG 发病的关系。
1.提取正常人小梁细胞（眼部的一种细胞）的全mRNA,送公司（那家最好？）构建正常基因文库（这一过程还需要哪些步骤？可能会与到哪些问题？），国外已经有人测定了一批正常人小梁细胞的基因谱，可以参考。（另外我如何利用基因组计划得到的基因序列信息？）
2.根据1的结果设计并定做基因芯片
3.提取POAG患者小梁细胞的全mRNA，利用基因芯片技术对基因的表达进行分析，找出异常表达的基因。（可以吗？如何实施？请提建议）
4.对异常表达基因进行序列测定、染色体定位（还需要哪些相关技术？）
5.设计引物，应用半定量PCR技术测定异常表达基因在一组患者中的表达水平。（可以吗？）感兴趣的战友请看一下附件
基因芯片在临床应用中的前景
&&&&&&&基因芯片及其技术是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新科技，一旦被广泛应用与临床，它将在一些重症传染病、恶性肿瘤、自身免疫性疾病、神经性疾病等方面，发生巨大的革命性的变革，基因技术在疾病的诊断、检测及治疗用药等方面有广阔的应用、研究价值。
一、基本概念
&&&&&&&&基因芯片(gene chip)，又称DNA芯片，是指将许多特定的寡核苷酸片段或基因片段作为探针，有规律地排列固定于支持物上，样品DNA/RNA通过PCR扩增、体外转录等技术掺入荧光标记分子，然后按碱基配对原理进行杂交，再通过荧光检测系统等对芯片进行扫描，并配以计算机系统对每一探针上的荧光信号作出比较和检测，从而迅速得出所要的信息[1]。基因芯片技术具有多样品并行处理能力、分析速度快、所需样品量少、污染少等优点，近年来在临床诊断、药物筛选、指导临床用药及治疗等研究领域带来革新性的影响。
二、基因芯片的主要类型　
&&&&&&基因芯片的类型按分类方法不同可分为不同的类型[2]
1、无机片基和有机合成物片基的基因芯片　
&&&&&&以基因芯片的片基或支持物的不同可以分为无机片基和有机合成物片基，前者主要有半导体硅片和玻璃片等，其上的探针主要以原位聚合的方法合成；后者主要有特定孔径的硝酸纤维膜和尼龙膜，其上的探针主要是预先合成后通过特殊的微量点样装置或仪器滴加到片基上。另有以聚丙烯膜支持物用传统的亚磷酰胺固相法原位合成高密度探针序列。
2、原位合成和预先合成然后点样的基因芯片 　
&&&&&&以探针阵列的形式分为原位合成与预先合成然后点样两种。芯片制备的原理是利用照相平板印刷技术将探针排列的序列即阵列图"印"到支持物上，在这些阵列点上结合上专一的化学基因。原位合成主要是指光引导合成技术，该技术是照相平板印刷技术与固相合成技术、计算机技术以及分子生物学等多学科相互渗透的结果。预先合成然后点样法在多聚物的设计方面与前者相似，合成工作用传统的DNA 合成仪进行。合成后再用特殊的点样装置将其以较高密度分布于硝酸纤维膜或经过处理的玻片上。
3、基因表达芯片和DNA测序芯片　
&&&&&&根据芯片的功能可分为基因表达谱芯片和DNA测序芯片两类。基因表达芯片可以将克隆到的成千上万个基因特异的探针或其cDNA片段固定在一块DNA芯片上，对来源于不同的个体(正常人与患者)、组织、细胞周期、发育阶段、分化阶段、病变、刺激(包括不同诱导、不同治疗手段)下的细胞内mRNA或反转录后产生的cDNA进行检测，从而对这些基因表达的个体特异性、组织特异性、发育阶段特异性、分化阶段特异性、病变特异性、刺激特异性进行综合的分析和判断，迅速将某个或几个基因与疾病联系起来，极大地加快这些基因功能的确定，同时可进一步研究基因与基因间相互作用的关系。DNA 测序芯片则是基于杂交测序发展起来的。其原理是，任何线状的单链DNA或RNA序列均可分解成 一系列碱基数固定、错落而重叠的寡核苷酸，又称亚序列(subsequence)，假如我们能把原序列所有这些错落重叠的亚序列全部检测出来，就可据此重新组建出原序列。　　
&&&&&&&&另外也可根据所用探针的类型不同分为cDNA微阵列(或cDNA微阵列芯片)和寡核苷酸阵列(或芯片)，根据应用领域不同而制备的专用芯片如毒理学芯片(Toxchip)、病毒检测芯片(如肝炎病毒检测芯片)、P53基因检测芯片等。
又可以按生物化学反应过程分：　　
&&&&&&通常的生物化学反应过程包括三步，即样品的制备，生化反应、结果的检测和分析。可将这三步不同步骤集成为不同用途的生物芯片，所以据此可将生物芯片分为不同的类型。例如用于样品制备的生物芯片，生化反应生物芯片及各种检测用生物芯片等。
三、临床上的应用前景
1、疾病诊断
&&&&&&基因芯片在感染性疾病、遗传性疾病、重症传染病和恶性肿瘤等疾病的临床诊断方面具有独特的优势。与传统检测方法相比，它可以在一张芯片同时对多个病人进行多种疾病的检测，无需机体免疫应答反应期，能及早诊断，待测样品用量小；能特异性检测病原微生物的亚型及变异；可帮助医生及患者从"系统、血管、组织和细胞层次（通常称之为‘第二阶段医学‘）"转变到"DNA、RNA、蛋白质及其相互作用层次（第三阶段医学）"上了解疾病的发生、发展过程，这些特点使得医务人员在短时间内，可以掌握大量的疾病诊断信息，这些信息有助于医生在短时间内找到正确的治疗措施。众所周知，肿瘤和遗传疾病发生的根本原因是由于遗传物质发生了改变，检测基因突变对于阐明肿瘤及遗传病的分子机制、疾病的早期诊断具有重要意义。目前，Affymetrix公司已开发出P53基因芯片，是将已知P53基因全长序列和已知突变的探针固定在芯片上，这将有助于恶性肿瘤的早期诊断。华盛顿大学的分子生物学系与病理系联合研究了卵巢癌中基因表达谱的变化[3]，他们将5766个基因探针固定于芯片上，其中5376个分别选自卵巢癌、卵巢表面上皮细胞及正常卵巢的cDNA文库，另外还有342个来自EST克隆，包括一些已知确定的管家基因、细胞因子和因子受体基因、生长因子和受体基因、与细胞分裂相关的基因以及新近确定的肿瘤相关基因，找出在卵巢癌组织中过度表达的30个有GenBank收录的基因，如高表达的有CD9(GenBank录入号：M38690)、Epithelial glycoprotein (GenBank录入号：M32306)、P27（GenBank录入号：X67325）等，这证明了利用基因芯片分析复杂生物体系中分子变化的可行性。又如，Hacia等［4］在1.28 cm×1.28 cm的芯片上固定了9.66×104个长度为20 nt的寡核苷酸探针，用于检测乳腺癌基因BRCA1的exon11 (3.45 kb)中所有可能的碱基置换、插入和缺失(1～5 bp)突变。在15例患者样品中，发现有14例有基因突变，类型包括点突变、插入及缺失等；在20例对照样品中均未检出假阳性结果。又如，Heller等[5]采用基因表达谱芯片研究了类风湿关节炎、肠炎基因的特征性表达活性，发现已知炎症相关基因，如肿瘤坏死因子、白介素和粒细胞集落刺激因子在组织中有表达。还发现一些以前未知的与炎症相关基因的表达，如人基质金属弹性蛋白酶(human matrix metallo-elastase)和黑素瘤生长刺激因子(melanoma growth stimulatory factor)。同时，与一个来自外周血基因文库的1046个cDNA克隆的阵列作这两种病变状态基因差异表达的比较，发现在类风湿关节炎组织中金属蛋白酶组织抑制物1，铁蛋白轻链和锰超氧化物歧化酶表达明显升高 。通过该研究，确定了许多基因与这两种病变的关系，为探讨基因芯片在诊断感染性疾病方面提供了新的思路。现在，肝炎病毒检测芯片、多种恶性肿瘤相关病毒基因芯片等多种芯片已面市，相信不久的将来，会有更多的基因芯片用于临床。
三．药物筛选
&&&&&&芯片技术具有高通量、大规模、平行性等特点可以进行新药的筛选，尤其对我国传统的中药有效成分进行筛选。基因芯片对于药物靶标的发现、多靶位同步高通量药物筛选、药物作用的分子机理、药物活性及毒性评价方面都有其它方法无可比拟的优越性，能够从基因水平解释药物的作用机理，可以用基因芯片分析用药前后机体的不同组织、器官基因表达的差异，国外几乎所有的主要制药公司都不同程度地采用了基因芯片技术来寻找药物靶标，查检药物的毒性或副作用。例如，Kapp U等[6]用包含950个基因探针的基因芯片比较何杰金氏病细胞系L428及KMH2与EB病的B淋巴细胞系LGL-GK的基因表达谱，发现何杰金氏病源的细胞系中白细胞介素-13（IL-13）及白细胞介素-5（IL-5）表达异常增高，用IL-13抗体处理何杰金氏病院源细胞系可显著抑制其增殖，此发现提示，IL-13可能以自分泌形式促进何杰金氏相关细胞增殖,IL-13及其信号传导途径可能成为何杰金氏病治疗及药物筛选的新靶点。芯片用于大规模的药物筛选研究可以省略大量的动物试验，缩短药物筛选所用时间，这可大大节省新药开发经费，并且可对由于不良反应而放弃的药物进行重新评价，选取可适用的患者群，实现个性化治疗。Michael Wilson 等[7]使用包含有肺结核杆菌基因组PRF的97%的序列的基因芯片，对应用抗结核杆菌药物异烟肼诱导前后表达的变化，结果证明肺结核杆菌中脂肪酸合成酶Ⅱ、FbpC、efpA、fadE23、fadE24和 基因发生改变与耐药性有关，并为新药物作用的靶目标研究及指导抑制这些靶目标试剂和药物的合成提供指导。研究各种药物对不同基因的作用，从而在剂量和成分搭配上做到精确无误。相信在不久的将来，药品说明书上的适用症和禁忌症都会改为适用基因型和禁忌基因型，使得药品更加针对不同个体的不同疾病，达到疗效更佳、副作用更小的目的。
3．指导用药及治疗方案
&&&&&&种族、个体等因素都会导致遗传背景的差异，临床上，同样剂量的药物对于不同患者在药物疗效与副作用方面会有很大差异，如果利用基因芯片技术对患者进行诊断再开处方，就可以对患者实施个体化治疗。疾病一般不是由单个基因引起的， 在治疗中很多同种疾病的具体病因是因人而异的，所以用药也因人而异，例如，现用于治疗ADIS的药物[8]主要是病毒逆转录酶RT和蛋白酶PRO的抑制剂，但在用药3-12个月后常出现耐药，其原因是rt、pro基因产生一个或多个点突变，对药物的耐受能力成倍增加，如果将这些基因突变部位的全部序列构建为DNA芯片，则可快速地检测患者是哪些基因发生突变，从而可对症施药，指导临床治疗和预后。传统的中医药讲究的是整体治疗观，在中药基因组学和中药化学组学中，多成分、多靶点治疗是基点，关键就是分析出成分谱与活性谱，实现精确筛选和配置，以"复方"的形式作用于致病基因组。
4、预防医学
&&&&&&在婴儿出生前，可用生物芯片进行有效的产前筛查和诊断，防止患有先天性疾病的婴儿出生。而在婴儿出生后，即可采用基因芯片技术来分析其基因图谱，不仅可预测出他日后可以长多高，还可预测其患某些疾病的潜在可能性有多大，以便采取预防措施。
四、前景展望
&&&&&&尽管基因芯片发展时间不长，迄今在医学研究实际应用中的例子还不多，但由于芯片技术与传统的杂交技术相比，有检测系统微型化，对样品的需要量非常少，效率高，能高通量检测DNA序列，更好地解释基因之间表达的相互关系及检测基因表达变化的灵敏度高等优点，基因芯片在医学上的应用前景无疑是非常广阔的。但目前基因芯片还处在研究阶段，要成为临床可以普遍采用的技术仍有一些问题急待解决，随着研究的不断深入和技术的更加完善，基因芯片一定会在生命科学研究领域发挥出其非凡的作用。基因芯片技术将为我们提供一条认识生命本质的捷径。
Stipp D. Gene chip breakthrough［J］. Fortune,): 56-73.
ZHANG Tian-Bao Gene chip and its significance in medical research. Acad J Sec Mil Med Univ, ): 91-94，98
Wang K, Gan, L,Jeffery E, et al. Gene,-2):101～108
Hacia JG, Brody LC, Chee MS, et al. Detection of heterozygous mutation in BRCA1 using high density oligonucleotide arrays and two-color fluorescence analysis［J］. Nat Genet, ): 441-447.
Heller RA, Schena M, Chai A, et al. Discovery and analysis of inflammatory disease-related genes using cDNA microarray［J］. Proc Natl Acad Sci USA, 50-2155.
Kapp U,Yeh WC,Patterson B,et al,Interleukin 13 is secreted by and atimulates the growth of Hodgkin and Reed-Sternberg cells.J Exp Med 1999 Jun 21;189(12):1939-46
Michael W,Joseph D,et al. Exploring drug-insuced alterations in gene express in My cobacterium tuberculosis by microarray hybridization, Issue 22, ,October 26,1999
Lipshutz D, Morris D, Chee M et al. Using oligonucleotide pribe array to access genetic diversity. Biotechniques,):422-447
84542-.caj (16.79k)请给我提供一些关于microSAGE protocol ，serial analysis of gene expression 技术的知识好吗？多谢既然国外有人做了正常细胞的基因图谱，那能否做定量RT-PCR，看这些基因表达有什么区别。另外在这些基因图谱内选取你感兴趣的基因，直接用ｇｅｎｏｍｅｉｃ　DNA测序，检测家系中病人与正常人之间是否存在突变。相对来说，做这个比较简单，工作量也比较小，但费用也不小。顺便问一句，家系大不大？有多少》顺便问一句，家系大不大？有多少家系？如果有足够多的病人，可用定位克隆或候选基因关联研究进行致病基因的discovery.今天送走太太。
我又仔细想了一下：
1.提取正常人小梁细胞（眼部的一种细胞）的全mRNA,送公司（那家最好？）构建正常基因文库（这一过程还需要哪些步骤？可能会与到哪些问题？），国外已经有人测定了一批正常人小梁细胞的基因谱，可以参考。（另外我如何利用基因组计划得到的基因序列信息？）
--我们是自己构建文库，要normalized的，以提高低丰度基因的数量。可以参考别人的数据，GenBank一定有收录。
2.根据1的结果设计并定做基因芯片
--CDA芯片要做好质量控制，比如选择housekeeping基因，我们这里有人找spike作对照，原理是一样的。可以参考东南大学陆祖宏等人的变长变覆盖算法，以保证芯片杂交条件均一。
3.提取POAG患者小梁细胞的全mRNA，利用基因芯片技术对基因的表达进行分析，找出异常表达的基因。（可以吗？如何实施？请提建议）
--可以，拿探针往上杂就是了，注意杂交条件，尽量避免误杂和漏杂，还是一个QC的问题，重复的block可以降低误差。
4.对异常表达基因进行序列测定、染色体定位（还需要哪些相关技术？）
--已知的好办，未知的可以找STS位点，然后到NCBI做电子定位。
5.设计引物，应用半定量PCR技术测定异常表达基因在一组患者中的表达水平。（可以吗？）
--我总觉得半定量PCR技术不可靠，说不好。
有请yong主任和各位高手指正！多谢maxon和天天站长，我今天忙活了一天兔子（实验），现在才能坐下来思考课题，非常感谢。只是我对这方面的东西懂得太少了，不怕各位笑话，我只是想到了这个方向，具体的相关技术可能要几乎从零学起，所以请各位高手多多指教，多多帮助，非常感谢，有机会来武汉我请客。maxon wrote:
既然国外有人做了正常细胞的基因图谱，那能否做定量RT-PCR，看这些基因表达有什么区别。另外在这些基因图谱内选取你感兴趣的基因，直接用ｇｅｎｏｍｅｉｃ　DNA测序，检测家系中病人与正常人之间是否存在突变。相对来说，做这个比较简单，工作量也比较小，但费用也不小。
我已开始也想到了这个方向，不过有两点：
1.你所说的家系是否是指由患者及其亲属组成的一组人，其大小是指人数，比如我们一个青光眼患者及其家属？如果这样的话可以很容易收集这样的家系用来研究，因为这种病发病率很高。
2.国外所测定的是他们的人群的基因图谱，而我国人与他们可能是有差异的，因此我想建立我国人自己的基因文库是有意义的（对吗?),用这样的基因文库来检测患者基因表达的改变是否很有意义？
还有就是如果“在这些基因图谱内选取你感兴趣的基因，直接用ｇｅｎｏｍｅｉｃ　DNA测序，检测家系中病人与正常人之间是否存在突变。相对来说，做这个比较简单，工作量也比较小，但费用也不小”，用来申请国家自然科学基金水平够吗？maxon wrote:
如果有足够多的病人，可用定位克隆或候选基因关联研究进行致病基因的discovery.
病人足够。能给我讲讲定位克隆和候选基因关联研究知识吗？包括其原理以及用到那些技术？可以用基因芯片来做吗？你现在所做的只是表达谱，无所谓什么种族差异，你完全可以好好利用他们的资源。有差异的只是基因内个别碱基即SNPs（引起表达和活性的改变），但这不影响你找致病基因。找致病基因，往往找的就是这些SNP。通过对比正常与病人的表达谱，那些有异常表达的基因，可能就是你要找的致病基因，但很有可能这些基因都不是。因为小梁细胞表达的改变可能是受到其它非小量细胞表达改变或无功能的产物等影响。如糖尿病引起的白内障。另一个需要注意的是这些基因的编码的产物的活性有没有改变。
因此通过表达谱来discover disease genes只是一种方法，未必能成功。有时候也需要结合候选基因关联研究（群体）等方法。但对于你构建表达谱的差异是足够了。申请经费完全没有问题，关键在于你的思路。一般可以拿上百万钱。太感谢maxon 兄了，听君一席话胜读十年书啊！我正在察看国外的基因谱，第一次看头有点大，还有许多文体要请教的，这两天多指导一下啦。申请课题只能是贵在参与，能否成功希望很小。管他哪
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