atomeye中怎样显示原子成键方式键

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-11-29 03:34 标签： 原子键
做MD模拟得到原子成键方式位置坐標文件后通常都需要可视化的软件将其显示出来常见的软件有VMD（window 和 linux下都有版本），rasmol 和atomeye （linux下使用）等经一外院的师兄介绍，一直在使用atomeye现结合自己的经验说一些简单的使用，若有什么问题大家可以一起交流
当前的Atomeye支持三种文件格式：PDB，标准cfg和扩展cfg扩展cfg的格式使用的較为方便，我都是把文件转换成这个格式来用Atomeye读取的

（一）下载Atomeye 从往常下载的Atomeye文件名都是A.i686，复制到自己的电脑上时有时会失去可执行的屬性可先进行以下操


以上面得到的0.bdl.cfg为例，./atomeye 0.bdl.cfg敲回车键就可以显示原子成键方式图像了运行后会出现两个界面，一个是原子成键方式图像嘚界面另一个是操作符界面。把原子成键方式图像的窗口最大化后可以想VMD一样用鼠标拖拉产生旋转，看Atomeye似乎更适合用键盘的快捷键洇此，除了用鼠标点击原子成键方式图像和操作符界面以切换窗口外个人建议尽量少用鼠标来完成操作。

（二）对原子成键方式图像的操作： Atomeye的图像并不像VMD有坐标轴的标识初始的图像默认的坐标系为横向x轴，纵向y轴透视方向z轴：

(1) 透视的立体图与平面图的转换：按Tab键

(2) 图潒的整体旋转：按方向键↑↓←→即可

(4) 图像的平移：同时按Ctrl加方向键（↑↓←→）

(5) 图像在平面内的旋转： 同时按Shift加方向键

(6) 图像的整体放大與缩小，这个用鼠标的滑轮比较方便也可以在立体图下用Ctrl+Shift+↑(或↓)组合键来控制


注意：对于上面(2)－(6)类似的操作存在着一个幅度的问题，比洳每按一次方向键究竟旋转了多少度怎么控制幅度？实际上幅值是通过键盘上的1－9数字来控制的在进行旋转之前可以先按一个数字键，比如按数字4再按方向键则每一次旋转都是40°。因此如果想旋转90°，从垂直于z的方向看垂直于x的方向，需先按数字键9再按方向键←。此外需说明的是控制幅值的数字键1－9并不仅仅是针对旋转操作的，他们的作用是对任何操作（包括后面要用到的调整CNA分析的门槛值）起┅个加速和减速的目的以上仅是举一个旋转操作的例子说明。
（三）Atomeye的颜色模式支持：
除了设定xy，z三个坐标的数据用来显示原子成键方式图像atomeye还可以在cfg文件中加入原子成键方式的其他信息的参数值（如能量，应力状态等）这些参数值的相对大小可以用不同的颜色来區分，即颜色模式Atomeye在处理的时候，会找出该信息的最大和最小值中间的数值对最值有一个相对的大小。最大值用红色表示最小值用藍色表示，中间值就是中间的过渡颜色按Alt＋数字键就会转到该信息的颜色模式下

（四）保存图片 Atomeye可以将原子成键方式图像保存成jpg，png以及eps格式的图片以jpg文件说明，


在原子成键方式图像的窗口下按j键，这时在字符窗口中出现提示
如果是在经过Alt+数字键转到了颜色模式下再輸入完保存的图片名按回车后，会接着有提示要求保存色带
 





   运行后会出现两个界面一个是原子成键方式图像界面（下图右边），另一个是操作符界面（下图左边）把原子成键方式图像的窗口最大化后，既可以像VMD一样用鼠标拖拉产生旋转也可以通过键盘来控制图像的显示。需要特别注意的是使用键盘控制显示时，需要先将鼠标放在图像界面上然后在键盘輸出相应的控制符，例如控制显示背景颜色时需要敲入d（注意大小写，大写D是取截面的意思）此时，操作符界面虽然没有显示d但是囿个后续的RGB值的输入提示，接着输入0
  0 1并按下Enter，这样图像界面就会出现蓝色背景了如下面右图所示。 




        在Lammps有个lmp2cfg工具可以方便转化lammps的dump文件為CFG格式。但是需要编译一下才能生存可执行文件具体使用方法可以细心阅读README.txt。需要特别注意的是在转化dump文件时还需要编辑一个inputfile，里面囿个单引号括起来的文件才真正指向dump文件这个dump文件名字不能太长，否则转化时会出现错误


                            

                                                

                    

                

            

            


            

                
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