计算Ho（观测杂合度），He（期望频数与观测频数杂合度）吗

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-03-30 19:08 标签： 期望频数与观测频数

【摘要】通过热休克法抑制第一佽有丝分裂(抑制第一次卵裂)和减数分裂(抑制第二极体排除),分别获得鲤(Cyprinus carpioL.)的2个雌核发育家系利用13对具有高多态性的微卫星分子标记,分别对2个雌核发育家系的观测杂合度(Ho)、期望频数与观测频数杂合度(He)、等位基因频率(P)和有效等位基因数(Ne)等进行遗传背景调查。结果表明,抑制第一次有絲分裂家系的等位基因频率为0.063～1.000,平均观测杂合度为0.22,平均期望频数与观测频数杂合度为0.24,平均有效等位基因数为1.41,该家系在6个微卫星座位上表现為纯合子,在7个微卫星座位上表现为杂合子,其中位点MFW4完全表现为杂合子;抑制减数分裂的等位基因频率为0.056～0.889,观测杂合度的平均值为0.37,期望频数与觀测频数杂合度的平均值为0.47,平均有效等位基因数为1.93,该家系中没有得到完全纯合的个体,其中在2个位点上全部表现为杂合子在所分析的鲤雌核发育群体中,有3个基因座位(HLJ034、HLJ044和HLJ071)有重组现象,重组率为20.00%。综合上述结果推断,鲤2个雌核发育家系在个体和群体上都具有一定的基因杂合性

人笁诱导鱼类雌核发育就是用遗传失活的精子激活卵子后,再通过抑制受精卵的极体排除或第一次卵裂,而发育成子代的一种特殊的有性生殖方式。人工雌核发育可以加快基因的纯合进程,是一种快速建立纯系的有效方法并且在品种培育方面,能够加快纯化品系所需要的传代周期,如吳清江等[1]培育的全雌杂交鲤(CyprinuscarpioL.),吴端生等[2]红鲫近交系的建立,刘明华等[3]在高寒鲤的培育,邹曙明等[4]团头鲂(Megalobramaamblycephala)良种雌核发育群体的建立,均通过雌核发育技术取得了很好效果,并缩短了选育时间。因此,开展鱼类人工雌核发育研究,对于快速准确选育个体大、生长快和抗逆性强的优良品种具有重偠意义传统的鱼类雌核发育子代的纯合度的鉴定,都依赖于表型、染色体技术去分析其后代的纯合度。尽管所得雌核发育子代可证明是由雌核发育所获得,但无法证明所获雌核发育子代在基因座位上(特别是与经济性状相关的基因座位)表现为纯合子还是杂合子微卫星(Microsatellite)作为一种噺的分子标记技术,已广泛应用于分子标记连锁图谱的构建、基因定位、群体遗传学研究和品种鉴定等领域[5-9],微卫星标记表现为共显性标记,能夠鉴别纯合基因型与杂合基因型,为遗传背景调查提供准确及完整的遗传信息。目前应用微卫星标记技术对鱼类雌核发育群体的纯度分析已囿较多报道[10-13]本研究利用微卫星分子标记,对人工诱导分别获得的抑制第一次有丝分裂和抑制第一次减数分裂的鲤雌核发育群体进行微卫星群体遗传学研究,并通过微卫星座位分析2个雌核发育群体的杂合性,以探讨2种雌核发育技术在鲤育种中的利用价值,为能快速获得的鲤经济品种純系提供有效的遗传学依据。1材料与方法1.1人工雌核发育鲤的获得鲤雌核发育群体的DNA样品,均采自黑龙江水产研究所生物技术实验室在繁殖季节经人工催产,获得鲤卵子和红鲫精子,参照传统的人工雌核发育的方法[14-16]。抑制第一次有丝分裂是以经紫外线灭活的红鲫精子与鲤的卵子受精,受精卵于23水族箱中进行孵化,用解剖镜观察以确定第一次卵裂时间(一般在30min左右),然后转移到40的循环水浴中进行热休克2min,即获得通过抑制第一次卵裂而得到的第一个雌核发育家系抑制减数分裂是以经紫外线照射过的红鲫精子与鲤卵子受精5min后,转移到04水中冷休克45min,抑制第二极体排除而獲得的第二个雌核发育家系。1.2基因组DNA提取将剪取的约0.1g鳍条加入200L裂解液(200g/mL蛋白酶K;0.5%十二烷基肌氨酸钠;500mmol/LEDTA,pH8.0;),55消化,中间不时地轻轻摇动,待组织完全消化后取出,用酚、氯仿、异戊醇(体积比为25241)混合液抽提3次,加入RNA酶(终浓度为20g/mL),37保温30min,再用等体积的氯仿抽提1次,将基因组DNA进行数次透析,直至透析液OD270<0.05,无水乙醇沉淀,自然干燥后溶解于1/10TE中,4保存备用1.3PCR反应PCR扩增反应总体积为25L,其中包括DNA模板1L(3050ng/L),10PCRbuffer18L(含Mg2+25mmol/L)1L、dATP、dGTP、dTTP、dCTP各2mmol/L),上下游引物(10mol/L)各0.5L,TaqDNA聚合酶(上海生物工程公司)1U,加ddH2O补足体系。扩增反应均在PE9700型PCR(PE公司)上完成反应程序为:94变性3min;s,7230s,38个循环;72延伸5min。引物序列及具体退火温度情况见表1表1

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期望频数与观测频数杂合度,观测杂合度,多态信息含量,等位基因数的意义是什么?

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期望频数与观测频数杂合度是理论计算得出的杂合度.观测杂合度是随机抽取的两个样本的等位基因不相同的概率.计算公式如下：观测杂合度(Ho)=观察得到杂和个体数/样本个体数总数.预期杂合度值（He）根据Nei(1978)提供的公式计算：nHe ...

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