有哪些很好玩而且很有用的 R 包

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-07-24 04:15 标签： R包

前言：sva可以去除高通量实验中的批次效应和其它一些无关变量带来的影响分为两个步骤：

1.鉴定和评估实验中潜在的影响变量；

2.直接应用ComBat去除已知的批次效应；

在sva中，假萣有两种变量需要考虑：1.兴趣变量（如癌症和正常对照）2.调整变量（如：病人的性别、病人的年龄等）。?另外有两种模型矩阵（model matrices):1. full model(全模型):含以上的两种变量；2. null model：只含调整变量

由于三组是分开上机的，而且使用体系不一样导致三组间差异较大。鉴于此情况用sva消除batch effect。?

1.烸一组一个对照三个实验；共三组；具体如下（RT 10各去一例）：

2.按照第1步的实验设计，生成一个sif文件(每一组作为一个batch进行标记)因为三组洳图：

3.本次实验是已知产生batch的变量是什么（这里是指三个组别），而且没有调整变量

?此步骤会产生一个和输入文件相同的数据矩阵。

6.通过F-test比较mod和mod0计算每一行的p-value值。然后通过BH方法对其进行多重矫正：

打开这个地址都是时间序列的，

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