我做了不同pcr基因测序的菌液测序 pcr检测都是各自的正确长度 菌液测序结果却都是一个pcr基因测序的序列

最近构建了一个克隆载体目的pcr基因测序2000多bp插入到pCMV载体上,在培养基上挑了单克隆 ,摇菌提质粒用目的pcr基因测序的上下游引物去pcr质粒,跑胶有2000多的条带出现之后将质粒送去测序,使用通用引物测通,结果却是只有1000左右的序列而且和目的pcr基因测序不能匹配。重复俩次结果都是这样,两次测序结果只囿下游两三个碱基不一样其他都一样出现这种情况让我想不通,希望大家能帮助一下给个合理的解释。

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