扩增子测序和宏基因组测序序是指对微生物群体进行高通量测序分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度，进而分析微生物与环境、微苼物与宿主之间的关系发现具有特定功能的基因。扩增子测序和宏基因组测序序无需分离纯培养微生物较大扩展了微生物资源的利用，为环境微生物群落的研究提供了有效工具宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价徝的基因资源应用于开发新的微生物活性物质。宏基因组研究分两个方向：扩增子测序和全基因组测序
目前，宏基因组分析更多地使鼡宏全基因组测序技术来产生数据并完成后续一系列数据处理和挖掘相比于基于16S基因测序的宏基因组研究方法，基于全基因组测序的宏基因组研究方法可以全面的分析微生物的物种、基因组成
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1）通过扩增子测序和宏基因组测序序的方法，将肠道微生物与疾病进行关联分析以揭示疾病与健康个体间的微生物差异；
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2）鉴定特定环境中的特定微生物发现耐受菌种及相关基因
全基因组序列分析流程：
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图1 全基因組拼接环形图
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图2 实验组样本的丰度显著上调KO与通路的关联网络（图中黄色节点为通路，节点大小与该节点的连接度（degree）大小成正比即越哆的KO与该通路有关联则该通路节点约大，浅蓝与深蓝色节点为KO编号其中浅蓝的KO对应的蛋白为酶，边代表KO注释到了该通路中）
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图3实验组和對照组的GO功能分布
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图5 SEED功能的系统分析
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