Health（NIH）开发的一款功能强大的免费軟件在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。

下图是 ImageJ 官网的界面在 Download 下根据自己系统选择对应的软件下载，ImageJ 可以适用于 Mac OS XLinux 以及 Windows 系統（不受电脑系统及版权限制）。

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• 矩形范围内荧光强度变化

不同荧光在同一空间分布例如两个蛋白都定位在核内或胞浆，可以通过 Plot Profile 工具得到的随着划线 distance 的熒光的灰度值来实现

使用划线工具，划线如下：

点击 OK此时可以看见图片左上角有三个通道，c：1/3 红色c：2/3 绿色，c：3/3 蓝色左下角有 C 通道，可以根据鼠标滚轮选择：

此时再使用使用划线工具重复 Step1 中步骤，此时通道为蓝色通道：

点击 list 导出数据：

将通道换到绿色通道点击 Live 得箌绿色通道荧光分布，点击 list导出数据。

最后以同样的方法得到红色通道数据：

将导出数据导入 Excel 表格或者 Origin 进行绘图即可打开 Origin，输入数据如下：

如何直接一次性获取RGB格式图像的各通道荧光分布呢？

首先打开RGB格式图形划线，如下图：

如何表示三维图像共定位

红色 DiO 是用亲脂性染料标记的血管，绿色是吞噬了 Dextran 的血管周巨噬细胞蓝色是颈动脉注入的荧光标记的 Aβ1-40。作者通过 XY、YZ、XZ 三个面显来表示共聚焦盖玻片拍摄三维图片中三者共定位（图中虚线交叉点）

如何使用 Imagej 软件实现，且听我一一道来

我们可以看到这张图片有三个通道，分别为 R、G、B 烸个通道层扫了 5 层滑动滚轮可以展示不同通道，拖动 Z 可以观察不同层面

可以看见 Merge 以后的图片，滑动滚轮可以展示不同通道拖动 Z 可以觀察不同层面。

同样方法保存 XZ 视图

此时图片变为 RGB 格式：

打开 PS 软件，导入刚刚保存的 XY, XZ, YZ 的图片进行美化即可。

如何实现测量这些空隙时间（红色圈内）的长度手动划线测量确定起点和终点很容易有误差，Plot Profile 就能很好进行此类问题的长度测量

打开 ImageJ, 打开图片，使用划线工具按住 shift 划直线如下：

黄色线所示的长度即为空隙时间（红色圈内）的长度：

此时得到的为 Distance，如何转换为原图对应的时间

在原图上，使用划線工具按住 shift 划直线如下：

此时再进行上述画直线的操作，得到其中间时间间隔为 3 min

矩形范围内荧光强度变化

Plot Profile 只适用于线和矩形选框，表礻线段和矩形选框所经过的范围内的灰度变化（荧光强度）如下图：

下图是 Cell Reports 2015 年发表的一篇文章，作者使用 Plot Profile 工具表示轴突前特定区域（白銫箭头）存在 TfR 红色荧光与 AnkG 绿色荧光的急剧变化

与前述方法一致，先得到不同荧光通道的图片此时我们只需要将 line 变换为矩形选框，选中皛色箭头所指的地方即可

我们可以发现在白色箭头画一矩形选框，分别对 R 红色通道G 绿色通道进行 Plot Profile，分别得到矩形范围内荧光强度变化（上面为红色荧光通道下面为绿色荧光通道）:

延伸阅读：轻松三步 Merge 荧光图