1949年1月，淮海战役胜利结束后，华东军区兼第三野战军党委决定招生办学。当年3月。由第三野战军前方卫生部和华东医学院抽调干部组成招生组，在江苏省扬州市设立华东医务干部学校，不久改名为华东医学院，共招收新生800余人。同年6月，学院迁至江苏省苏州市沧浪亭。

1949年5月，上海解放，上海市军事管制委员会军事接管委员会派员进驻上海江湾区五角场原国民党国防医学院，接管了该院校舍和国民党联勤第二总医院的全部设备及院长等工作人员475人。

1949年9月12日，华东军区人民医学院正式成立并举行开学典礼。学院隶属于华东军区后勤部。

1950年10月，中央军委命令，将医学院命名为中央人民政府人民革命军事委员会上海军医大学，隶属于中国人民解放军总后勤部，华东军区政治部主任舒同题写了校名。

1951年7月9日，学校正式定名为第二军医大学，校名由陈毅元帅题写。

1954年，制定了军医和药学专业新的教学计画和大纲，并完善了办学体系。

1955年，创办了卫生勤务学系。

1960年，增设了海军医学系。

1961年，开始承担外军医学留学生培训任务。

1969年8月29日，“文化大革命”期间，军委办事组批准总后勤部党委《关于医科院校调换校址的报告》，第二军医大学于当年10月奉命迁至陕西省西安市长乐路第四军医大学原校址。

1975年7月，学校经中央军委批准迁回上海原址。

1969年10月，学校奉命搬迁到西安现第四军医大学校址。

1981年11月，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。

1997年，学校成为国家“211工程”重点建设院校。

1999年，海军医学高等专科学校併入第二军医大学。入选国家“211工程”以来，学校教、医、研等各项工作得到了快速发展，并以优秀成绩通过了国家“211工程”三期、军队“2110工程”二期和总后“530工程”一期验收。

2003年，学校获批全国首个护理学博士学位授权学科。

2016年，学校由隶属于原中国人民解放军总后勤部转隶中国共产党中央军事委员会训练管理部。

2017年6月，因军队改革，学校由军委训练管理部转隶海军，并更名为中国人民解放军海军军医大学，对外保留第二军医大学校名。9月，入围首批国家“双一流”世界一流学科建设高校名单。

截至2017年8月，海军医学系、卫生勤务学系、中医系均为全军唯一的专业系，外训系是全军唯一的医学留学生培养基地；开设了临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、中医学（八年制）、中医学（五年制）、麻醉学（五年制）、药学、中药学、医学心理学、公共事业管理、生物技术、护理学等本科专业。

根据2017年8月学校官网显示，学校拥有中国科学院院士2名、中国工程院院士5名、美国护理科学院院士1名，两院院士后备人选6名，国家级创新团队8个，“973”首席科学家8名、国家“千人计画”1名，“长江学者”9名、国家杰出青年科学基金获得者24名、国家优秀青年科学基金获得者12名、“百千万人才工程”国家级人选10名、何梁何利基金科学与技术奖获得者7名、中国科协求是杰出青年奖获得者7名、军队高层次科技创新人才15名。在职高级专业技术职务人员733名。博士生导师294名，硕士生导师452名，270余名专家教授享受国务院政府特殊津贴。

中国科学院院士（2名）：吴孟超（专职）、陈宜张（专职）

中国工程院院士（5名）：孙颖浩（专职）、曹雪涛（专职）、王红阳（专职）、廖万清（专职）、夏照帆（专职）

美国护理科学院院士（1名）：袁长蓉（专职）

“千人计画”人选（1名）：蔡振宇

“973”首席科学家（8名）：曹雪涛、孙颖浩、郭亚军、潘卫庆、苏定冯、姜远英、徐沪济、曹广文

“长江学者”（9名）：曹雪涛、王红阳、夏照帆、陈丰原、何成、谢渭芬、盛春泉、陈涛涌、廖专

国家级教学团队（4个）：

• 世界一流学科建设学科（1个）

• 上海市I类高峰学科（1个）

• 上海市一流学科（7个）

药学、护理学、基础医学、临床医学、中西医结合、特种医学、公共管理

• 博士后科研流动站（7个）

生物学、基础医学、临床医学、特种医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学

• 一级学科博士学位授权点（10个）

生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、中药学、护理学、特种医学、公共管理

• 专业博士学位授权点（1个）

• 一级学科硕士学位授权点（20个）

马克思主义理论、化学、心理学、教育学、外国语言文学、中医学、军事后勤学、图书情报与档案管理、生物医学工程、计算机科学与技术、生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、中药学、护理学、特种医学、公共管理

• 专业硕士学位授权点（8个）

临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、药学硕士、中药学硕士、公共管理硕士、军事硕士

国家级精品课程（4个）：护理学基础、医学统计学、药理学、护理教育学

军队优质课程（4个）：护理学基础、医学统计学、药理学、护理教育学

根据2017年8月学校官网显示，学校还先后牵头承担国家“863计画”、“973计画”等重点项目140多项、承担各类研究课题3200余项，经费总额近15亿元，名列全军前茅；在《自然·免疫学》、《自然·遗传学》、《柳叶刀》等世界顶级学术杂誌发表论文30余篇，发表SCI论文共3000多篇，数量跃升全国医科院校第二，多篇论文入选“中国百篇最具影响优秀国际学术论文”；多项成果入选“中国医药十大科技进展”和“中国高等学校十大科技进展”项目，获批新药和专利授权数连续多年位居全军院校第一。

根据2017年8月学校官网显示，学校先后获得国家最高科学技术奖1项，国家科学技术进步奖一等奖2项、国家自然科学奖二等奖4项，国家科技进步创新团队奖1项，国家技术发明奖二等奖5项，国家科学技术进步奖二等奖32项，省部级二等奖以上成果600余项。

《解放军护理杂誌》：是中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、卫生部人事司专业技术资格评审认定期刊、中国学术期刊综合评价资料库统计源期刊。

Medicine》（《结合医学学报：英文版》）：是中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、上海市科学技术协会系统优秀科技期刊、全国中医药优秀期刊、中国学术期刊综合评价资料库统计源期刊，由上海市中西医结合学会和海军军医大学附属长海医院主办。

《药学实践杂誌》：是国家级期刊、中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国学术期刊综合评价资料库统计源期刊，由海军军医大学和中国药学会药事管理专业委员会主办。

《药学服务与研究》：是海军军医大学主管、主办的中国第一本有关药学服务方面的专业性学术期刊。

（注：学校校徽暂未更新）

遥望吴淞口的船影倾听黄浦江的涛声

海军军医大学第一附属医院（上海长海医院）创建于1949年7月，始称华东军区人民医学院附属医院，1951年7月改称第二军医大学附属医院，1958年9月成为海军军医大学第一附属医院，是一所学科门类齐全、医疗特色鲜明、综合实力强劲的现代化大型综合性医院。

根据2017年10月官网显示，医院占地351亩，建筑面积68万平方米，院辖一个中医系、57个科室，展开床位2100张。医院1993年被评为首批三级甲等医院，1999年荣膺“全国百佳医院”称号，先后被评为全国“支援西部地区医院工作先进单位”，全军“思想政治建设先进单位”、“医院文化建设先进单位”、“为部队服务先进医院”、“创先争优全军试点单位”，连续17届被评为“上海市文明单位”，在上海市医疗行业“万人问卷调查”中连续6年位居上海市第一。

海军军医大学第二附属医院（上海长征医院）是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性三级甲等医院。医院前身是1900年德国宝隆博士创办的“宝隆医院”，1930年更名为“国立同济大学附属医院”，1948年更名为“中美医院”；1955年10月，由时任国防部长彭德怀元帅签署命令，成立了“上海急症外科医院”；1958年9月，列编为“海军军医大学第二附属医院”；1966年9月，经上海市批准对外称“上海长征医院”。

根据2017年10月官网显示，医院有国家重点学科，国家级继续医学教育基地，全军肝胆外科专科中心，全军肝胆外科研究所，国家教育部和全军重点实验室，军队“重中之重”建设学科，上海市医学领先专业重点学科，上海市重中之重临床医学中心。医院全年门诊量24.8万余人次，出院2.8万余人次，手术例次7900余人次。

海军军医大学附属公利医院（上海市浦东新区公利医院）是隶属于浦东新区卫生计生委的公立综合性医院。医院位于上海（国家）自由贸易区内，陆家嘴金融贸易区、张江高科技园区和金桥外贸加工区的交汇处。占地面积60亩，建筑面积6.7万平方米。医院学科门类齐全，医疗技术质量在上海市同级同类医院中名列前茅，是上海浦东新区陆家嘴地区重要的区域医疗中心，是陆家嘴医疗联合体牵头单位。

李素芝：专业技术少将，主任医师，博士生导师，曾任西藏军区副司令员兼西藏军区总医院院长，现任西藏自治区政协副主席、党组副书记；1976年7月毕业于第二军医大学军医系。

韩雅玲：中国工程院院士，专业技术少将，主任医师，博士生导师，现任瀋阳军区总医院副院长兼全军心血管病研究所所长、心血管内科主任，心血管内科教授，第四军医大学、大连医科大学兼职教授，国家药品评审专家。

高春芳：肛肠外科专家，享受国务院特殊津贴，专业技术少将，主任医师，博士生导师，现任济南军区第150中心医院院长兼全军肛肠外科研究所所长，兼任第二军医大学教授、全军医学科学技术委员会常委、全军肛肠学会主任委员、全军普通外科学会副主任委员、中国卫生法学会会长、济南军区医学专业高职评审外科组长等职务；1972年考入第二军医大学。

孙君泓：曾任第二军医大学副教授、上海长征医院副主任医师、世界华人移植学会副主席，现任澳大利亚澳华科学技术协会董事会主席、澳大利亚国家肝移植中心首席科学家、国务院侨办海外专家谘询委员会委员、中国科学院海外评审专家、中国对外套用技术交流促进会海外高级顾问等职务；1974年毕业于第二军医大学，随后在上海长征医院任外科医师，1985年获硕士学位。

刘明耀：现任多伦多大学教授、多伦多总医院研究所资深科学家、多伦多总医院科研教育训练中心主任、多伦多大学医学院国际研究中心主任；1986年获第二军医大学病理生理学医学硕士学位。

陈海星：创办加拿大生物科技界着名的基因检测企业ACGT公司，曾任加拿大遗传疾病研究所DNA中心实验室主任、ACGT公司总经理，现任苏州星雨生物技术有限公司总经理；本科毕业于第二军医大学。

徐建农：1993年获第二军医大学博士学位，之后任教于第二军医大学寄生虫学教研室，年在纽约大学医学与分子寄生虫学系进行博士后研究，在蚊媒生物学研究领域成绩突出，现任美国新墨西哥州立大学生物学系教授。

巫凌刚：神经科学家，美国国立卫生研究院高级研究员，毕业于第二军医大学80级海医系。

冯根生：美国加州大学圣地亚哥分校医学院病理学于分子生物学教授，1987届校友。

杨向群：第二军医大学解剖学教研室主任、教授；1987年毕业于第二军医大学军医系，1992年获硕士学位，1997年获博士学位，2002年至2004年美国密西根州立大学博士后；曾任中国力学学会生物力学专业委员会委员和上海市力学学会生物力学专业委员会委员，现任军队医学科学技术委员会解剖组织胚胎专业委员会委员、上海市解剖学会理事、《解剖学杂誌》编委。

唐鹏举：主任医师、教授，毕业于第二军医大学；曾于北京、上海等各大三甲部队医院坐诊，后调任北京军区256医院肝病诊疗中心，现为中华医学会会员、中国传染防治中心医学顾问、全军传染病专业委员会委员、军队肝病与感染专业委员会委员、全军肝病诊疗学科带头人、全军肝病专家援疆专家团组长。

宋关鸿：美国国立过敏与传染病研究所研究员，第二军医大学美国纽约校友会秘书长；1987年毕业于第二军医大学，曾任教于第二军医大学病原生物学教研室。

吴孟超：中国科学院院士，曾任上海第二军医大学附属长海医院外科教研室副主任，普通外科副主任、主任，肝胆外科主任，第二军医大学副校长和解放军医学科学技术委员会副主任、中华医学会副会长等职务；现任第二军医大学附属东方肝胆外科医院院长、中国人民解放军肝胆外科研究所所长、总后勤部卫生部专家组副组长。

李家顺：骨科教授，主任医师，博士生导师，享受国务院特殊津贴；1967年12月毕业于第二军医大学海医系，1984年2月获医学硕士学位；先后担任第二军医大学附属长征医院骨科副主任、副院长，附属长海医院副院长，长征医院院长，全军骨科研究所所长，第二军医大学校长和上海市医学会副会长等职务。

曹雪涛：中国工程院院士，德国科学院外籍院士，法国医学科学院外籍院士，英国医学科学院外籍院士，美国国家医学院外籍院士，曾任中国医学科学院院长、北京协和医学院校长，现任南开大学校长兼全球慢性疾病防控联盟主席、亚太免疫学会联盟秘书长、中国生物医学工程学会理事长；年在第二军医大学攻读本科、硕士、博士学位；年于第二军医大学担任免疫学教研室讲师、教授，免疫学教研室副主任、主任，第二军医大学副校长兼免疫学研究所所长、全军免疫与基因治疗重点实验室主任、医学免疫学国家重点实验室主任。