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急求！！怎样在NCBI上查找蛋白质的氨基酸序列？求高抬贵手！收藏
如题，我想找Cytc的氨基酸序列，好几个物种的，求尽快...感激不尽，感激不尽！！
只是大概教一下...我找到resourse里的protein了，然后呢？
楼主你去NCBI PubMed，然后PubMed那个框里选protein，不要在resource里选，之后在后面的栏里打CytC和物种的名字，就行了
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为兴趣而生，贴吧更懂你。或如何在genbank中查找一基因的序列03
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如何在genbank中查找一基因的序列03
如何在genbank中查找一基因的序列；1、在GeneBank中查找基因序列只要输入ac；2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会；最直接、最简单的方法是手头有基因的accessi；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，；AccessionprefixMoleculet；AC_Genomic
如何在genbank中查找一基因的序列 1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了 ，下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭，希望对你有帮助。2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如果Gene数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：Accession prefix
Molecule type
CommentAC_
Complete genomic molecule, alternate assemblyNC_
Complete genomic molecule, reference assemblyNG_
Incomplete genomic regionNT_
Contig or scaffold, clone-based or WGSaNW_
Contig or scaffold, primarily WGSaNS_
Environmental sequenceNZ_b
Unfinished WGSNM_
Predicted modelXR_c
Predicted modelAP_
Annotated on AC_ alternate assemblyNP_
ProteinYP_c
ProteinXP_c
Predicted modelZP_c
Predicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.b An ordered collection of WGS for a genome.c Computed.其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；其他未尽事宜大家补充！ 3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列？你输入这个细菌的名字直接查，一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页，database选nucleotide，输入你的关键词,如果库里收录里就会有的 4、如何查找基因序列？――在Genbank中寻找目的基因的实例（1） 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi )”，那么把“”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的 AY047586就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy了）这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。（2）点击 AY047586后出现的界面如下： 如果你只想获得序列（例如去设计PCR引物的时候），那就可以选择FASTA，这样就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。 这就是FASTA格式的序列： 正如路漫漫所说，如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？还是一步一步来...打开http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO...
搜索结果出来了，let me see... 啊，怎么这么多？689条，哪一条是我想要的基因呢？（作者注：这也许是大多数人对Genbank的第一印象，即东西太多了，不知道是哪个。）点击箭头所指的LimitsLimits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围。我们要找什么基因来着？想起来了，是人的VEGF基因，那就开始选择：先选Gene name(基因名称)；然后再选择Limit by Taxonomy（生物分类限定）中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”哇，只有一个结果，是不是搞定了？（呵呵，好有面子哦[直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是，在Genbank中，基因有很多别名（Aliases），和Genbank中记录的名称有可能不一致，大家要睁大眼睛哦。比如在这里，VEGFA是Genbank中记录的基因名称，而它还有很多别名，比如MGC70609, VEGF（这就是我们要找的基因名称 ）, VEGF-A, VPF；还有，在这里可以看到该基因在染色体上的位置... 点击VEGFA后出现界面再往下看，可以看到Genomic regions, transcripts, and products，这里显示了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况：就看见了目的基因的mRNA的链接（如NM_）和蛋白质的链接（如NP_ ） 这里得说两句，有的基因也许只有一个编码序列，但有的基因有很多的mRNA剪接体，但都是归在一个基因名称下面。比如，在VEGF基因下面有7个序列，分别是vascular endothelial growth factor A isoform a, isoform c, isoform d, isoform e, isoform f , isoform g, isoform b precursor ，但是哪个是自己想找的基因]）呢？这就需要根据你自己查阅的文献以及在这些基因序列后面的解释来确定了。如果我想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_，得到如下界面：说来其实很简单，就是利用Genbank的检索功能。也许大家的检索文献能力很强，但是面对Genbank这个庞然大物有却些打怵，加之初涉基因，相关知识不足，所以很多时候都是费力无穷却无功而返。还是那句话，战略上藐视，实践中重视。多花些时间了解Genbank，不要上来就狂查一通。先把检索功能学习学习会更容易达到目的，磨刀不误砍柴工嘛，呵呵。包含各类专业文献、行业资料、中学教育、文学作品欣赏、各类资格考试、应用写作文书、幼儿教育、小学教育、外语学习资料、如何在genbank中查找一基因的序列03等内容。
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求助！已知基因，如何查对应蛋白的大小等参数
本人现在对于NCBI的使用还是不太懂，想向大家请教一下如果我已知某一细菌中的某种酶基因，我怎么在NCBI或者其他网站上查找这种酶的相关信息，包括亚基数量，亚基大小等等？拜托啦，尽量详细些，对于网站的使用也详细些！！3Q
将蛋白名输入在NCBI protein库中搜索，就能得到相关信息了。也可以到UNIPROT里搜索。
QQ： 详细了解。 可以直接到SWISS PROT数据库里查找，或者点击NCBI里的基因页面中所对应的蛋白链接！ 在NCBI里搜到该基因的核酸序列，里面有栏就是关于蛋白序列的，然后打开就能看到。大家可以共同探讨QQ
var cpro_id = 'u1216994';
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05:07:39&&&来源：&&&评论：&&
[如何从Genbank中找作者的信息急 急 急(基因序列)] 我在Genbank中仍未找到作者的信息，我找的基因序列如下:1: NM_003955. Homo sapiens supp...[gi:]
Links LOCUS
PRI 23-AUG-2004DEFINITION
Homo sapiens suppressor
关键词:[基因序列]…
我在Genbank中仍未找到作者的信息，我找的基因序列如下:1: NM_003955. Homo sapiens supp...[gi:]
Links LOCUS
PRI 23-AUG-2004DEFINITION
Homo sapiens suppressor of cytokine signaling 3 (SOCS3), mRNA.ACCESSION
NM_003955VERSION
GI:KEYWORDS
Homo sapiens (human)
Homo sapiens
E M C C V E
M E P C H Homo.REFERENCE
(bases 1 to 2746)
Yokota,S., Yokosawa,N., Okabayashi,T., Suzutani,T., Miura,S.,
Jimbow,K. and Fujii,N.
Induction of suppressor of cytokine signaling-3 by herpes simplex
virus type 1 contributes to inhibition of the interferon signaling
J. Virol. 78 (12),
GeneRIF: rapidly induced in amnion FL cells in HSV-1 infection and
appears to be mainly responsible for suppression of IFN signaling
and IFN production during the HSV-1 infection.REFERENCE
(bases 1 to 2746)
He,B., You,L., Uematsu,K., Zang,K., Xu,Z., Lee,A.Y., Costello,J.F.,
McCormick,F. and Jablons,D.M.
SOCS-3 is frequently silenced by hypermethylation and suppresses
cell growth in human lung cancer
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100 (24),
GeneRIF: hypermethylation in CpG islands of the functional SOCS-3
promoter that correlates with its transcription silencing in
primary lung cancer tissue samplesREFERENCE
(bases 1 to 2746)
Haan,S., Ferguson,P., Sommer,U., Hiremath,M., McVicar,D.W.,
Heinrich,P.C., Johnston,J.A. and Cacalano,N.A.
Tyrosine phosphorylation disrupts elongin interaction and
accelerates SOCS3 degradation
J. Biol. Chem. 278 (34),
GeneRIF: acceleration of degradation by tyrosine phosphorylationREFERENCE
(bases 1 to 2746)
Seki,Y., Inoue,H., Nagata,N., Hayashi,K., Fukuyama,S.,
Matsumoto,K., Komine,O., Hamano,S., Himeno,K., Inagaki-Ohara,K.,
Cacalano,N., O"Garra,A., Oshida,T., Saito,H., Johnston,J.A.,
Yoshimura,A. and Kubo,M.
SOCS-3 regulates onset and maintenance of T(H)2-mediated allergic
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GeneRIF: These data indicate that SOCS-3 has an important role in
regulating the onset and maintenance of T(H)2-mediated allergic
immune disease.REFERENCE
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Senn,J.J., Klover,P.J., Nowak,I.A., Zimmers,T.A., Koniaris,L.G.,
Furlanetto,R.W. and Mooney,R.A.
Suppressor of cytokine signaling-3 (SOCS-3), a potential mediator
of interleukin-6-dependent insulin resistance in hepatocytes
J. Biol. Chem. 278 (16),
GeneRIF: SOCS-3 may have a role in IL-6-mediated insulin resistance
in liverREFERENCE
(bases 1 to 2746)
Wu,X., Herndon,D.N. and Wolf,S.E.
Growth hormone down-regulation of Interleukin-1beta and
Interleukin-6 induced acute phase protein gene expression is
associated with increased gene expression of suppressor of cytokine
Shock 19 (4), 314-320 (2003)
GeneRIF: SOCS-3 plays an important role in the suppression of
cytokine signaling by GH in down-regulating the acute phase
response after injury.REFERENCE
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and Kenney,R.T.
Leishmania donovani-induced expression of suppressor of cytokine
signaling 3 in human macrophages: a novel mechanism for
intracellular parasite suppression of activation
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GeneRIF: induction of SOCS3 by Leishmania donovani provides a
potent inhibitory mechanism by which intracellular microorganisms
may suppress macrophage activation and interfere with the host
immune responseREFERENCE
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Activation of STAT3 by IL-6 and IL-10 in primary human macrophages
is differentially modulated by suppressor of cytokine signaling 3
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phosphotyrosine motifs of the IL-10 receptor complex suggest that
IL-10 signaling is less sensitive than IL-6 signaling to inhibition
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promoter region of the human SOCS-3 gene.REFERENCE
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Sasaki,A., Inagaki-Ohara,K., Yoshida,T., Yamanaka,A., Sasaki,M.,
Yasukawa,H., Koromilas,A.E. and Yoshimura,A.
The N-terminal truncated isoform of SOCS3 translated from an
alternative initiation AUG codon under stress conditions is stable
due to the lack of a major ubiquitination site, Lys-6
J. Biol. Chem. 278 (4),
GeneRIF: translational control plays an important role in
stabilization and function of SOCS3REFERENCE
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Schneider-Mergener,J., Yoshimura,A., Neel,B.G., Heinrich,P.C. and
Schaper,F.
SHP2 and SOCS3 contribute to Tyr-759-dependent attenuation of
interleukin-6 signaling through gp130
J. Biol. Chem. 278 (1), 661-671 (2003)
GeneRIF: These data suggest, that there are two, largely distinct
modes of negative regulation of gp130 activity, despite the fact
that both SOCS3 and SHP2 are recruited to the same site within
gp130.REFERENCE
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Constitutive expression of SOCS3 confers resistance to IFN-alpha in
chronic myelogenous leukemia cells
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GeneRIF: chronic expression confers resistance to IFN-alpha in
chronic myelogenous leukemia cellsREFERENCE
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The effect of suppressor of cytokine signaling 3 on GH signaling in
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Hortner,M., Nielsch,U., Mayr,L.M., Heinrich,P.C. and Haan,S.
A new high affinity binding site for suppressor of cytokine
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GeneRIF: evidence for pY429pY431 being a new high affinity binding
site for SOCS-3 on the EpoRREFERENCE
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Bode,J.G., Ludwig,S., Freitas,C.A., Schaper,F., Ruhl,M., Melmed,S.,
Heinrich,P.C. and Haussinger,D.
The MKK6/p38 mitogen-activated protein kinase pathway is capable of
inducing SOCS3 gene expression and inhibits IL-6-induced
transcription
Biol. Chem. 382 (10),
GeneRIF: active MKK6 in HepG2 cells enhanced basal activity or
IL-6-induced transcriptional activation of a SOCS3 promoterREFERENCE
17 (bases 1 to 2746)
Roberts,A.W., Robb,L., Rakar,S., Hartley,L., Cluse,L., Nicola,N.A.,
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Placental defects and embryonic lethality in mice lacking
suppressor of cytokine signaling 3
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Dey,B.R., Furlanetto,R.W. and Nissley,P.
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Biochem. Biophys. Res. Commun. 278 (1), 38-43 (2000)
19 (bases 1 to 2746)
Shen,X., Hong,F., Nguyen,V.A. and Gao,B.
IL-10 attenuates IFN-alpha-activated STAT1 in the liver:
involvement of SOCS2 and SOCS3
FEBS Lett. 480 (2-3), 132-136 (2000)
20 (bases 1 to 2746)
Yasukawa,H., Sasaki,A. and Yoshimura,A.
Negative regulation of cytokine signaling pathways
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Marine,J.C., McKay,C., Wang,D., Topham,D.J., Parganas,E.,
Nakajima,H., Pendeville,H., Yasukawa,H., Sasaki,A., Yoshimura,A.
and Ihle,J.N.
SOCS3 is essential in the regulation of fetal liver erythropoiesis
Cell 98 (5), 617-627 (1999)
22 (bases 1 to 2746)
Masuhara,M., Sakamoto,H., Matsumoto,A., Suzuki,R., Yasukawa,H.,
Mitsui,K., Wakioka,T., Tanimura,S., Sasaki,A., Misawa,H.,
Yokouchi,M., Ohtsubo,M. and Yoshimura,A.
Cloning and characterization of novel CIS family genes
Biochem. Biophys. Res. Commun. 239 (2), 439-446 (1997)
9344848REFERENCE
23 (bases 1 to 2746)
Minamoto,S., Ikegame,K., Ueno,K., Narazaki,M., Naka,T.,
Yamamoto,H., Matsumoto,T., Saito,H., Hosoe,S. and Kishimoto,T.
Cloning and functional analysis of new members of STAT induced STAT
inhibitor (SSI) family: SSI-2 and SSI-3
Biochem. Biophys. Res. Commun. 237 (1), 79-83 (1997)
9266833COMMENT
REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
reference sequence was derived from AU, BE and
On Mar 15, 2004 this sequence version replaced gi:.
Summary: This gene encodes a member of the STAT-induced STAT
inhibitor (SSI), also known as suppressor of cytokine signaling
(SOCS), family. SSI family members are cytokine-inducible negative
regulators of cytokine signaling. The expression of this gene is
induced by various cytokines, including IL6, IL10, and interferon
(IFN)-gamma. The protein encoded by this gene can bind to JAK2
kinase, and inhibit the activity of JAK2 kinase. Studies of the
mouse counterpart of this gene suggested the roles of this gene in
the negative regulation of fetal liver hematopoiesis, and placental
development.
COMPLETENESS: complete on the 3" end.FEATURES
Location/Qualifiers
/organism="Homo sapiens"
/mol_type="mRNA"
/db_xref="taxon:9606"
/chromosome="17"
/map="17q25.3"
/gene="SOCS3"
/note="synonyms: CIS3, Cish3, SSI-3, SOCS-3, MGC71791"
/db_xref="GeneID:9021"
/db_xref="LocusID:9021"
/db_xref="MIM:604176"
/gene="SOCS3"
/note="STAT induced STAT inhibitor 3; cytokine-induced SH2
protein 3;
go_process: regulation of cell growth [goid 0001558]
[evidence IEA];
go_process: intracellular signaling cascade [goid 0007242]
[evidence IEA]"
/codon_start=1
/product="suppressor of cytokine signaling 3"
/protein_id="NP_"
/db_xref="GI:"
/db_xref="GeneID:9021"
/db_xref="LocusID:9021"
/db_xref="MIM:604176"
/translation="MVTHSKFPAAGMSRPLDTSLRLKTFSSKSEYQLVVNAVRKLQES
GFYWSAVTGGEANLLLSAEPAGTFLIRDSSDQRHFFTLSVKTQSGTKNLRIQCEGGSF
SLQSDPRSTQPVPRFDCVLKLVHHYMPPPGAPSFPSPPTEPSSEVPEQPSAQPLPGSP
PRRAYYIYSGGEKIPLVLSRPLSSNVATLQHLCRKTVNGHLDSYEKVTQLPGPIREFL
polyA_signal
/gene="SOCS3"
polyA_site
/gene="SOCS3
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