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【求助】RT-PCR结果计算
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这个帖子发布于5年零101天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
求助：real time RT-PCR结果相对定量如何计算，目的基因mRNA=2^-△Ct，△Ct=目的基因Ct-内参基因Ct，能不能这样计算？因为我是相对定量，不知道△△Ct怎么计算。
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相对定量的数据分析方法一般来说有四种： ①双标曲法 ②2 － △Ct ③2 － △△Ct ④Pfaffi法。①双标准曲线法简介公式：优点：分析简单，实验优化简单缺点：对每一个基因，每一轮实验都必需做标准曲线；必需有固定的标准品做标准曲线；这些标准品并不代表样品扩增的真实状态②2－△Ct法应用举例：测定Jun基因在某因子作用前后的表达变化假设扩增效率（E=10－1/斜率）为2（即每个循环模板量翻倍）比率（处理后/处理前）＝2 － Ct（处理后）－Ct（处理前）＝2 － △Ct＝2 － （16－18）＝4所以Jun基因在处理后表达水平比处理前高4倍③2－△△Ct法应用举例：测定Jun基因在某因子作用前后的表达变化假设目的基因和内参基因的扩增效率都接近100％，且相对偏差不超过5％，则待测样品目的基因的相对表达量为2-△△Ct（注明：①△Ct=待测样品目的基因Ct值—待测样品内参的Ct值；③△△Ct=处理后△Ct—处理前△Ct）。即与对照组相比，实验组的,目的基因相对表达量增高了2-△△Ct倍。④Pfaffi法应用举例：测定Jun基因在某因子作用前后的表达变化实验数据：见附件这其中最常用的是2－△△Ct法和标准曲线法。两种方法各有优缺点，2－△△Ct法要求比较的各基因的扩增效率相同，从实际上来说，即使结果出来，也会受到很多质疑——你为什么使用2－△△Ct，请给出扩增效率的证据来！因此虽然2－△△Ct法可以免去做标准曲线的步骤，但结果的可信度会较标准曲线法降低。标准曲线法结果相对比较可信，但是比较麻烦，并且花钱相对来说比较多。看你的选择了，不想麻烦的话，2－△△Ct法也是不错的方法。
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“即与对照组相比，实验组的,目的基因相对表达量增高了2-△△Ct倍。”请问楼主，我可以直接用“2-△△Ct倍"的值进行统计分析吗？
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③2－△△Ct法应用举例：测定Jun基因在某因子作用前后的表达变化假设目的基因和内参基因的扩增效率都接近100％，且相对偏差不超过5％，则待测样品目的基因的相对表达量为2-△△Ct（注明：①△Ct=待测样品目的基因Ct值—待测样品内参的Ct值；③△△Ct=处理后△Ct—处理前△Ct）。即与对照组相比，实验组的,目的基因相对表达量增高了2-△△Ct倍。我想请问一下：如果不单单是处理后和处理前两组对比，有四组对比，要求某一基因在这四组中的表达差异请问；③△△Ct=处理后△Ct—处理前△Ct）。这一步该怎样计算呢？得出来的2-△△Ct的值在进行统计分析对吗？
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xienini wrote:“即与对照组相比，实验组的,目的基因相对表达量增高了2-△△Ct倍。”请问楼主，我可以直接用“2-△△Ct倍"的值进行统计分析吗？我也有同样的疑问，请高手指教！谢谢
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xiaolingtongj68 wrote:我也有同样的疑问，请高手指教！谢谢同样的困惑！
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借宝地同求！
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我用的是罗氏LC480型号，软件计算相对定量的结果中有相对误差这一项，但是这标准误差的计算公式是什么呢？能不能手工用Excel计算出来？
关于丁香园论文关键词：建筑工程　施工技术　混凝土　低碳建筑
　　论文摘要：随着改革开放，...【论文关键词】 建筑工程　事前控制　事中控制　事后控制　质量控制
　　【论文摘...摘要：高校科研经费管理是高校财务管理的一项重要内容。在高校科研经费来源多元化且数...论文关键词：建筑施工　管理职责分配
　　论文摘 要： 随着我国不断深化建筑施工...摘要：随着社会经济的发展，人们对物质生活和精神娱乐的追求进一步提升，对国家行政事...丁香客App是丁香园社区的官方应用，聚合了丁香园论坛和丁香客的精彩内容。医生可通过丁香客App浏览论坛，也可以在这个医生群集的关系网络中分享和互动，建立更广泛的学术圈子。
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请问 realtime 的结果怎么表示？要不要统计？
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这个帖子发布于9年零331天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
realtime的结果怎么表示？要不要统计？有没有相关的文献参考？谢谢做过的同道指点！
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realtime PCR 的结果有两种，即相对定量和绝对定量。相对定量：假设目的基因为A，内参为B，阴性对照组为X（目的基因含量假定为1），实验组为YδCt = average Ct(A) - average Ct( δδCt (Y) = δCt(Y) - δCt(X)relative quantitation of Y = 2的 δδCt (Y) 次方绝对定量：已知阴性对照组目的基因含量，依上述方法计算，实验组目的基因绝对含量则为：阴性对照组目的基因含量 X 实验组目的基因相对含量实验结果需要统计学检验，一般用柱状图表示。
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能不能给个参考？或一片典型的文章？先谢过了！
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我给你提供一些荧光实时PCR的文献，你可以参考一下：菜豆细菌性萎蔫病菌16SrDNA基因克隆及TaqMan探针实时荧光PCR检测，漆艳香、朱水芳、肖启明，仲恺农业技术学院学报，2004Vol.17No.4严重急性呼吸综合征实验室的生物安全管理，黄芳、刘海林、韩莉莉、石伟先，中华预防医学杂志，2004Vol.38No.5PCR基因芯片上荧光PCR反应的研究，郝麟、朱平、于晓梅、张大成、赵新生、欧阳贱华，中国优生与遗传杂志，2004Vol.12No.5口蹄疫病毒群特异性荧光PCR检测方法研究，杨素、吴小伦、花群义、徐自忠、周晓黎、贾建军、薄清如、潘文波，中国畜牧兽医，2004Vol.31No.11人TNF-αmRNA实时荧光定量PCR检测标准的构建，郑晓群、邹立林、吕建新，中国免疫学杂志，2004Vol.20No.11实时荧光PCR检测乙肝病毒YMDD变异的临床应用，杨志钊、罗燕香、何洁冰、卫敏，实用医技杂志，2004Vol.11No.20PCR相关技术方法在植物病害检测中的应用(综述)，王娜、马雅军、王喆之、代光辉，上海农业学报，2004Vol.20No.4人脐静脉内皮细胞表达CD137分子及其功能的初步研究，肖宇宏、白云、黄钢、熊家祥，免疫学杂志，2004Vol.20No.6乙肝病毒DNA与乙肝病毒血清标志物的相关性，徐立文、王福经，临床荟萃，2004Vol.19No.23应用实时荧光PCR技术检测HBVYMDD变异，季秀玲、沈雪芳、陈宇明、关明，医学分子生物学杂志，2004Vol.1No.5含内标的荧光PCR--荧光定量PCR，朱文斯、黄茜华、黄艳兰、李世花、王关清、于洁，中国医药导刊，2001Vol.3No.4三峡库区炭疽墓群的卫生清理及评价方法研究，贾庆良、汪新丽、梅浙川、吴国辉、廖和平、李秀安，中国公共卫生，2004Vol.20No.10复方861对人肝星状细胞α-平滑肌肌动蛋白mRNA表达的调节作用，王琳、王宝恩、肖培根、汪建、乔延江、谈学海，中草药，2004Vol.35No.10用实时荧光PCR方法鉴定转基因玉米T14/T25，曹际娟、覃文、朱水芳、曹远银，遗传，2004Vol.26No.5高脂饮食大鼠肝脏硬脂酰辅酶A去饱和酶表达及罗格列酮的干预作用，陆元善、范建高、方继伟、杨兆瑞，肝脏，2004Vol.9No.3荧光聚合酶链反应技术在乙型肝炎病毒基因分型中的应用，朱冰、周荣、许文娟，实用儿科临床杂志，2004Vol.19No.9慢乙肝病毒携带者抗病毒治疗的临床疗效观察，廖丹、张秀兰、王淦、张玲、梁汉玲，广西中医学院学报，2004Vol.7No.3人端粒酶催化亚单位mRNA的实时荧光RT-PCR定量检测，郭颖、刘军、薛采芳、吴静、宋天保，细胞与分子免疫学杂志，2004Vol.20No.5荧光PCR技术在检测人乳头瘤病毒6,11型感染中的应用，朱蓉、季洪斌，江苏大学学报（医学版），2004Vol.14No.3
关于丁香园RT-PCR用什么方法做统计_百度知道
RT-PCR用什么方法做统计
用灰度分析软件统计，譬如Bio-rad的蛋白凝胶分析软件 Quantity_One_v462
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你是指定量PCR吧？如果是realtime做表达量，用excel的制图，将每个个体的Ct值平均数做出柱状图就可以了。如果你还做了标曲的话，就用制图中的散点图看R2值。其实这些功能做定量PCR的时候电脑程序应该会自动分析才对。如果你做的是半定量PCR，那么楼上讲的就OK了。看丰度。
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出门在外也不愁实时荧光定量RT-PCR的Fold change怎么计算啊(荧光定量,RT-PCR)
20:02:07&&&来源：&&&评论：&&
[实时荧光定量RT-PCR的Fold change怎么计算啊(荧光定量,RT-PCR)] 请问各位，在实时荧光定量RT-PCR中的结果处理中，Fold change怎么算出来的啊？ 关键词:[荧光定量 RT-PCR]…
请问各位，在实时荧光定量RT-PCR中的结果处理中，Fold change怎么算出来的啊？
回复3. Real-time qPCR定量方法可以分为绝对定量和相对定量。绝对定量是用一系列已知浓度的标准品制作标准曲线，在相同的条件下目的基因测得的荧光信号量同标准曲线进行比较，从而得到目的基因的量。该标准品可以是纯化的，体外转录的RNA，或者是体外合成的ssDNA。相对定量可以分为比较Ct法和其他一些相对方法。比较Ct指的是通过与内参基因Ct值之间的相差来计算基因表达差异,也称之是2-DDCt 。3.1绝对定量从标准曲线获得线性方程：Y=-3.432X+34.638;R2= 0.995, E=95%，所以可以进行数据分析。如果未知样品的 Ct=25，代入方程： 25=-3.432X+34.638,所以： X=2.8Copies=10^2.83.22-DDCt定量2-DDCt方法使用的前提是内参和目的基因的扩增效率接近100%，且相差不超过5%。所用公式如下：2-DDCt=2-[(Ct目的基因-Ct内参基因)]处理组-[(Ct目的基因-Ct内参基因)]对照组 =2-[E-F]处理组-[A-B]对照组=2(F-B)-(E-A)比如Cdk5在处理前和处理后样品中的Ct平均值是25和22.1；内参GAPDH在处理前和处理后样品中的Ct平均值是18.2和18.3.那么处理所致倍数变化(fold change)应该是=2-[(22.1-18.3)]处理组-[(25-Ct18.2)]对照组=23=8也就是处理造成Cdk5表达增加了7倍。如果是目的基因和内参基因的扩增效率相差比较大，可以用扩增效率进行校正，也就是Pfaffl方法。所用公式如下：处理所致倍数变化(fold change)= C(A-E)/D(F-B)扩增效率（E）=10-1/斜率(理想的PCR扩增效率=2)百分比表示为：e%=(E-1)×100%同时是上面例子，如果Cdk5的扩增效率是70%；GAPDH的扩增效率是95%，那么处理所致的倍数变化（fold change）应该是=（1.7）（25-22.1）/(1.95)(18.3-18.2)=4.36即处理造成Cdk5表达量增加了3.36倍。回复3. Real-time qPCR定量方法可以分为绝对定量和相对定量。绝对定量是用一系列已知浓度的标准品制作标准曲线，在相同的条件下目的基因测得的荧光信号量同标准曲线进行比较，从而得到目的基因的量。该标准品可以是纯化的，体外转录的RNA，或者是体外合成的ss。相对定量可以分为比较Ct法和其他一些相对方法。比较Ct指的是通过与内参基因Ct值之间的相差来计算基因表达差异,也称之是2-DDCt 。3.1绝对定量从标准曲线获得线性方程：Y=-3.432X+34.638;R2= 0.995, E=95%，所以可以进行数据分析。如果未知样品的 Ct=25，代入方程： 25=-3.432X+34.638,所以： X=2.8Copies=10^2.83.22-DDCt定量2-DDCt方法使用的前提是内参和目的基因的扩增效率接近100%，且相差不超过5%。所用公式如下：2-DDCt=2-[(Ct目的基因-Ct内参基因)]处理组-[(Ct目的基因-Ct内参基因)]对照组 =2-[E-F]处理组-[A-B]对照组=2(F-B)-(E-A)比如Cdk5在处理前和处理后样品中的Ct平均值是25和22.1；内参GAPDH在处理前和处理后样品中的Ct平均值是18.2和18.3.那么处理所致倍数变化(fold change)应该是=2-[(22.1-18.3)]处理组-[(25-Ct18.2)]对照组=23=8也就是处理造成Cdk5表达增加了7倍。如果是目的基因和内参基因的扩增效率相差比较大，可以用扩增效率进行校正，也就是Pfaffl方法。所用公式如下：处理所致倍数变化(fold change)= C(A-E)/D(F-B)扩增效率（E）=10-1/斜率(理想的PCR扩增效率=2)百分比表示为：e%=(E-1)×100%同时是上面例子，如果Cdk5的扩增效率是70%；GAPDH的扩增效率是95%，那么处理所致的倍数变化（fold change）应该是=（1.7）（25-22.1）/(1.95)(18.3-18.2)=4.36即处理造成Cdk5表达量增加了3.36倍。求完整教程，多谢回复二楼写的太好了，受益匪浅，谢谢！！！回复使用ΔT法，用excel设置公式做表格。回复谢谢楼主，好帖！
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