chip-dna电泳超声后可用nanodrob检测dna吗

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-05-30 07:56 标签： chip-dna电泳

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1.input：样本经过超声但是没有进行chip-dna電泳，包含样本超声后总DNA可以进行电泳，检测超声效果同时，可以与最后chip-dna电泳样本进行比较看chip-dna电泳的效率（如果用同一引物进行PCR，chip-dna電泳组和input组亮度差不多说明chip-dna电泳效率高，基本上样本中所有的目的基因片段都被chip-dna电泳下来了，反之说明效率低，实验条件有待改进）

2、阳性对照：一般用anti-RNA Polymerase II抗体因为RNA Polymerase II是通用转录因子，在所有细胞中都能结合基因（当然是在该细胞中表达的基因所以为了保证阳性对照囿效，一般选择阳性对照的引物是根据管家基因设计的）的核心启动子区因此，理论上chip-dna电泳后PCR都会有条带

3、阴性对照：用普通的IgG做为抗體理论上不会chip-dna电泳下来任何DNA片段，因此作为阳性对照但是由于非特异结合，或者实验过程中没发生结合的DNA清除不完全，可能也会出現条带最理想的结果当然是没有条带，但是如果有一条淡淡的条带（与阳性对照和目的基因组相比）也是不妨碍的。

4、实验组就是鼡自己感兴趣的转录因子去检测感兴趣的基因引物设计：

（1）chip-dna电泳检测的是转录因子与基因启动子区的结合情况，因此引物设计要选择目嘚基因启动子区chip-dna电泳试验中启动子区一般选在转录起始位点上游1000bp的DNA片段（或者为了保险些选在2000bp），因为一般情况下转录因子结合在这個区域，当然也有结合在更上游或者有的文献报道在转录起始位点下游也有结合，我们就不能一一考虑这些有点特殊的情况了一般实驗的时候选择的是转录起始位点上游2000bp的片段。

（2）引物设计原则跟普通的引物相同但是，超声后DNA被打断所以PCR产物要尽量短一些，100多bp就足够了因为产物长度越长，这段DNA被打断的可能性就越大P出来的可能性就越小

结合位点分组 Ch-IP分组：

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