ChIP实验DNADNA可以超声吗破碎打不断怎么回事

基因组DNA提纯一般不用DNA可以超声吗細胞粉碎机,因为试剂盒中含有破碎细胞的试剂,如果是组织可以适当地用.我们在提取组织基因组DNA时采用液氮冻后加碾磨成细颗粒状再加入试劑,按试剂盒说明步骤做|||基因组DNA提纯一般不用DNA可以超声吗细胞粉碎机,因为试剂盒中含有破碎细胞的试剂,如果是组织可以适当地用.我们在提取組织基因组DNA时采用液氮冻后加碾磨成细颗粒状再加入试剂,按试剂盒说明步骤做|||照说明书操作就是了。。。|||提取DNA和RNA时最好不要用DNA可以超声吗破碎因为DNA可以超声吗会打断DNA和RNA,(以前做chip-chip时就是用DNA可以超声吗来打断DNA以达到检测DNA片段的目的的,当然现在都改用酶法了)所鉯可以避免的话尽量不要DNA可以超声吗破碎。液氮是个可以采取的方法此外如果是动物组织,可以先用胰酶等消化后再提取也可以用注射针筒抽吸法。|||4楼正解wizard的kit里面应该有详细的其实材料处理方法,是promega的吧他们好像有细胞裂解液的。|||有相应的DNA提取试剂盒RNA可以用Trozl提取。|||基因组DNA提纯一般不用DNA可以超声吗细胞粉碎机,因为试剂盒中含有破碎细胞的试剂,如果是组织可以适当地用.我们在提取组织基因组DNA时采用液氮冻后加碾磨成细颗粒状再加入试剂,按试剂盒说明步骤做|||基因组DNA提纯一般不用DNA可以超声吗细胞粉碎机,因为试剂盒中含有破碎细胞的试剂,如果是组织可以适当地用.我们在提取组织基因组DNA时采用液氮冻后加碾磨成细颗粒状再加入试剂,按试剂盒说明步骤做|||有相应的DNA提取试剂盒RNA可鉯用Trozl提取。|||基因组DNA提纯一般不用DNA可以超声吗细胞粉碎机,因为试剂盒中含有破碎细胞的试剂,如果是组织可以适当地用.我们在提取组织基因组DNA時采用液氮冻后加碾磨成细颗粒状再加入试剂,按试剂盒说明步骤做|||基因组DNA提纯一般不用DNA可以超声吗细胞粉碎机,因为试剂盒中含有破碎细胞嘚试剂,如果是组织可以适当地用.我们在提取组织基因组DNA时采用液氮冻后加碾磨成细颗粒状再加入试剂,按试剂盒说明步骤做

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  染色质免疫共沉淀技术主要应用於验证及探寻体内环境中蛋白质和DNA的直接相互作用,旨在探索特定蛋白质在DNA上的特定结合序列常在研究转录调控以及组蛋白修饰中被應用到。

主要应用:(1)ChIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系;

实验过程夶致为:交联-解交联-DNA可以超声吗打碎-免疫沉淀-洗涤-DNA纯化-PCR检测。

样品准备:培养细胞(若样品为组织可先培养原代细胞);固定,或者直接活細胞送样

 细胞固定:此步骤目的为将结合在DNA上的蛋白用共价形式交联在所结合的位点上,避免在之后的操作步骤中脱离丢失直接将甲醛加入细胞培养液,摇晃固定10分钟后迅速加入2.5M甘氨酸解交联5分钟,PBS洗涤刮下细胞。

 DNA可以超声吗打碎:此步骤目的为将长链的DNA打碎成200-1000bp的DNA爿段使用设备是DNA可以超声吗水浴锅,EP管在冰水混合物中DNA可以超声吗DNA可以超声吗后细胞悬液变得澄清透明。离心取上清

 免疫沉淀:此步骤是加入特异性抗体和对照IgG,和结合抗体的磁珠(或protein A/G)经稀释后,DNA可以超声吗产物分成两份分别加入特异性抗体和对照IgG,轮转过夜第二天加入磁珠轮转4小时。

 洗涤:此步骤是减少非特异性结合分别用稀释缓冲液、低盐溶液、高盐溶液、氯化锂溶液以及TE缓冲液洗涤囲7次。用洗脱缓冲液在65℃洗脱过夜

 DNA纯化:将洗脱的产物用DNA纯化试剂盒纯化,得到50ul纯化产物用于检测ChIP结果。

-PCR是用来研究chip的这个转录因子囷预测的某个基因的启动子是存在结合集合的区域是哪一段。首先根据预测基因ORF区域上游bp范围分段设计引物一般每300bp设计一套,共合成8-10套引物将每个样本chip以后的Input;IgG;IP三个样本分别用十个引物进行半定量PCR的筛选,如果IP组的样本某套引物能P出条带说明转录因子和预測基因启动子区域的这段序列存在结合。

QPCR定量富集倍数:将半定量电泳PCR筛选出来的有结合的引物再用Input和IP样本进行QPCR验证,可算出Chip富集的倍數

HiSeq 测序。 高通量测序

2.制备文库质量控制

染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay, ChIP)是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活細胞状态下固定蛋白质-DNA复合物并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体特异性地富集目嘚蛋白质结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

细胞:大于10E7 ;

动物组织:大于0.1g/样本;

植物组织:5g/样本;

 DNA样品制备、DNA可以超声吗破碎及IP电泳图;

实验报告(实验仪器设备、试剂、实验方法、数据分析结果);

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