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基于并行计算的基因序列快速比对方法研究
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基于并行计算的基因序列快速比对方法研究
官方公共微信作者：章张等 来源：BBRC 发布时间： 14:38:14
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研究开发出DNA序列并行比对新工具
中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室&百人计划&章张研究员，带领其团队成功开发出&编码蛋白质DNA序列并行比对工具&ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）&。该研究成果发表在《生物医药与生物物理研究通讯》（Biochemical and Biophysical Research Communications，BBRC）期刊上。
同源序列比对是生物信息学最普遍使用的分析方法之一，其中，编码蛋白质DNA序列比对最为常见，对比较基因组学、分子进化学、系统发育等领域具有重要的基础意义。为获取相应的比对结果，通常采用的方法是将蛋白序列的比对结果&回译&（back-translate）成DNA比对序列，这样的比对结果比直接进行DNA序列比对更可靠、准确。为此，科学家提出了多个不同的工具，采用的策略都是先进行蛋白质序列比对，然后将比对结果回译成DNA比对。然而，这些工具每次只能处理一组同源数据，无法实现多组同源序列的对比工作。
鉴于传统工具所产生的弊端，基因组所科研人员开发了ParaAT，成功解决了此项科研难题。ParaAT可实现多组同源编码蛋白质DNA序列的并行比对，不仅解决了大规模、多组同源序列的比对工作，同时也大大降低了运行时间，获得了较好的并行加速比（speedup），适合海量数据的分析工作。
ParaAT可在不同操作系统下运行，支持多种不同的输出格式，方便后续相关的生物信息学分析（如用于检测自然选择压力的KaKs_Calculator）。（来源：中国科学院北京基因组研究所）
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<span style="color:#14/3/11 17:08:02 lq102021
章研究员，您好，我在使用您开发的ParaAT时，在windows下面总是出现Checking input parameters: [OK]
Use of uninitialized value $PATH[19] in concatenation (.) or string at D:\Instal
l\ParaAT\ParaAT.pl line 470.
Checking Epal2nal.pl: [NA]
Please make sure Epal2nal.pl is executable (+X) and put into the global director
我在PATH中也加了路径，把Epal2nal.pl属性改为可执行了，还是这个样子，请教您帮我解决一下吧，谢谢您了！生物秀人才网[]
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本帖最后由 xdgtaoyang 于
09:49 编辑
154645utgqfr33rsm5d2ds.jpg (122.01 KB, 下载次数: 102)
16:42 上传
clcseqview
/file/id_1415.html
比对结果简单明了，便于区分，操作方便，容易上手。
在数据管理方面，可以将不同种类数据整理存放在不同文件夹中，类别分明。
呵呵& &/account_register.htm?channel=zqqi8q&&这个是快盘的注册链接，注册后可以直接将文件转存在自己快盘中，然后自动同步到本地电脑中，很方便，
PS：CLC完全不需要注册，安装即可使用
该用户从未签到
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这款研究软件主要是干什么的
签到天数: 5 天[LV.2]偶尔看看I
生物秀举人
能大概介绍下就好了··
该用户从未签到
这软件看上去不错。。。
试试看。。。
该用户从未签到
好东西，谢谢~~有说明书么，具体怎么用？
该用户从未签到
免费的么？不要搞得像VECTOR NTI 要破解。。。
现在很讨厌破解。。。
我安装了，大致的看了下，BIOEDIT的基本功能都有，酶切图谱也行。。。
不知道谁熟练不，与VECTOR NTI比较如何？
我才好下定决心去学。。。
毕竟学一个软件得花时间的。。。
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有说明书吗？
该用户从未签到
生物秀进士
签到天数: 2 天[LV.1]初来乍到
求说明说书啊
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逛了这许久，何不进去瞧瞧？温馨提示！由于新浪微博认证机制调整，您的新浪微博帐号绑定已过期，请重新绑定！&&|&&
专业背景：计算机科学
研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发,
生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统
目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
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