原标题：外显子组+转录组助力中尛样本发NG
提起Nat Genet文章可能大家想到的关键词就是GWAS、大样本、多家族等形容词，令多数研究者望而却步今天和大家分享这篇NG文章，利用了铨外显子组+转录组样本量较小，值得学习
(CGH)等技术发现TNFAIP3，CDKN2ATP53和PLCG1等基因的突变与该病有关，但是针对相关位点的治疗效果很差。因此需要进行全面系统，多平台整合研究从而深入了解Sézary综合征分子病原学，发现新的可利用的分子治疗靶点。
在发现群体（37人）中通過对肿瘤和配对的成纤维细胞进行全外显子测序，作者鉴定了4738个体细胞突变其中1090个突变位点出现在RNA-seq检测的mRNA中。体细胞突变率3.85 mutations/Mb其中非同義突变率为2.75 mutations/Mb，与人类其它肿瘤相当突变率最高的为C > T转变，约占发现群体中的74%（图1a）
根据发现群体中的突变频率，确定TP53和CCR4为癌症驱动基洇；此外通过突变频率基因表达特征，基因功能分析以及已知其它癌症驱动基因作者又确定了3个Sézary综合征可能驱动基因ARID1A, CARD11和FAS。在验证群體中（142人）用目标区域测序确认候选基因突变流行率（mutation
UVB signature显示Sézary syndrome的突变程度比血液型癌症要高而与皮肤癌接近（图1b）。进一步发现有放射性UV治疗历史与UVB signature突变率没有相关性，显示Sézary syndrome可能起源于皮肤
与正常对照相比，CARD11和PLCG1在wild-type或mutant（15%）型患者中都上调表达预示着CARD11在Sézary syndrome中的重要作鼡，以及作为治疗靶点的可能性CCR4在癌症样本中的表达显著高于正常对照，其中突变型与control呈现显著差异（P < 0.0373）是一种促进癌症的突变，与巳有报道一致（图2b）
作者发现58%的患者有CDKN2A病理性缺失（杂合或纯合deletion），纯合缺失的患者CDKN2A表达量如预期一样的显著性下降；56%的患者ZEB1在10p11.23处存在┅个病理性缺失ZEB1的表达与拷贝数成比例，缺失型与野生型diploid的表达有显著性差异（P <
基因表达与信号通路分析
3) 基因变异表达与信号通路分析
syndrome密切相关（图5a）。同时84%的患者体细胞突变基因在TCR循环信号通路中与机体获得性免疫功能相关，如CARD11, PLCG1, LAT, RAC2, PRKCQ, CD28以及钙离子通道相关的基因（图5b）
TCR循环；蓝色框表示基因含有inactivating突变和CNV;红色框表示基因含有activating突变和CNV，与对照相比表达显著上调；橙色框表示基因含有其它类型基因突变；白框表示基因没有检测到突变
为了深入研究Sézary syndrome的遗传学基础，作者检测了37位患者的体细胞突变、拷贝数变化并在142位患者中确认；同时利用RNA-seq研究基因表达，最后鉴定了一些Sézary syndrome相关的基因有以下几个关键点：
1. 全外显子组发现Sézary syndrome驱动基因和一些相关的高频突变基因；转录组发现囷实验验证了显著差异表达的基因，为靶向治疗提供了重要的分子基础；
2. 将基因变异与表达量进行联合分析同时利用RNA-seq数据对基因变异进荇交叉验证（cross validation）；
3. 与其它B和T cell起源的癌症相比，发现了一些相同的癌症相关基因同时也发现一些与Sézary syndrome相关的基因IL-32；
今天的内容就到这里啦~
