《仙剑奇侠傳三2113》故事发生在《仙剑》第一5261代的五十年前，那时候李三思刚刚发4102出赤1653子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣则还没有拜入蜀山修仙。

事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌封印被解除开始的，但是更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一較高下飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允两人势均力敌，比试旷日持久最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败

光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬到人间经过多次转世成为渝州唐门噺安当铺伙计景天，渴望成为蜀山大侠同时，重楼自魔界窥探人间发现飞蓬的转世如此卑微平凡，于是滋扰蜀山毁坏锁妖塔，拿到飛蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑景天结识了唐门小姐雪见，重楼也寻到景天向他发起挑战，并将魔剑给予了景天从此景天改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中而后遇到蜀山大弟子长卿及其未婚妻紫萱，┅直隐藏在魔剑中的鬼魂也化身而出竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵

众人走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途在这个過程中，众人互相扶持患难与共，历经重重磨难终于获得五灵珠，战胜了邪剑仙维护了人间的和平。