要输入或修改命令，对命令方块点击使用键以打开 命令方块GUI (图形用户界面)GUI只会在玩家处于创造模式, 拥有相关权限才会打开。在单机游戏里作弊必须开启使得可以编辑命令方块。在 多人游戏中只能由创造模式中的管理员所编辑。为了使命令方块能工作以下在 server.properties 的配置必须设置为：

命令可被输入到第一个文本框。 命令方块的命令长度限定在32,500个字符以内但这个文本框一次只能显示其中的一小段。自从1.9按 Tab ? 可以补全命令且循环代入可选项。

命令方块内的命令不需要加斜杠前缀(/)就像在聊天框使用时的那样，不过加了也依旧能用

在控制台命令文本框下是一些如何使用目标选择器的小提示。

点击"脉冲/连锁/循环"按钮可更改命令方块类型默认为“脉冲”，但非默认类型的命令方块也能被放置命令方块改变类型时也会改变颜色：

“脉冲”方块是橙色的。这种方块是“标准”的命令方块功能和它的前身差不多，激活一次执行一佽命令

“连锁”方块是绿色的。这种方块只在指向它的方块成功执行命令时才会执行命令这不同于它在条件制约模式时，会检测什么茬指向着它而不仅仅是靠在它之后。指向它的命令方块也不必一定是连锁方块本身来触发连锁执行。

“循环”方块是紫色的这种方塊被激活后的每一刻都执行命令，减小了红石时钟设备的重要性

命令方块属于红石机械 且能由以下物件激活：

临近的红石充能元件: 例如，红石火把 (红石火把置于命令方块上时例外)红石块，阳光传感器按钮等等

临近的被充能方块 (例如，红石火把上面的非透明方块)

充能中苴指向向命令方块的 红石比较器或红石中继器

充能的且指向命令方块（或覆盖其上） 或是没有指向的红石粉；命令方块不会被临近但是不指向它的充能红石粉激活

另外，当命令方块由命令复制到一个会被激活的位置时新的命令方块只有在原有命令未被执行过时才会执行命令。 (可从F3调试屏幕的 "triggered"看到)

不像除了音符盒的其它红石元件，命令方块可在每个游戏刻激活一次（每秒20次在不卡顿的情况下）。然而在两个游戏刻中都激活一次需要使其在同一刻钟从被激活转为未激活状态（见fill+replace高频的实例）。

处于"保持开启"的命令方块将一直被激活默认的模式为“红石控制”，也就是需要充能才能运行

当被激活时，命令方块将尝试执行它的命令激活后的动作将取决于命令方块的類型：

命令方块（“脉冲型”）会尝试执行命令一次。

连锁的命令方块（“连锁型”）将在指向它的命令方块执行命令后才会执行命令

循环中的命令方块（“循环型”）将会在每个游戏刻都尝试执行一次命令直到不再被激活为止。