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来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2015-04-15 05:31 标签： simcity无限金币
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300金币求帮忙解决个PMF相关的问题
所用软件：NAMD
模拟方法：ABF simulation
模拟对象：离子通道（膜蛋白） 单离子穿越通道模拟PMF(Potential means of force)
问题：投文章，审稿人给的意见如下 It is particularly striking that the PMF is asymmetric (different end point values between cytosolic and extracellular sides although - under periodic boundary conditions - the final ion activities are identical). This hints at a massive hysteresis or nonergodicity problem that needs to be clarified and remedied.
大概意思是生成的PMF曲线不对称，我做的两条曲线（红线和蓝线）的起点和终点的差距比较大，图片中的红圈部分所示。审稿人提示说是hysteresis（磁滞）或nonergodicity（非遍历性）的问题。
由于本人对这两个概念不了解，所以求解答。
1.为什么我做的PMF曲线不对称，原因可能有哪些？
2.在不否定我的结果的基础上，怎么回答这个审稿人提出的问题比较合理？
3.求解释hysteresis（磁滞）或nonergodicity（非遍历性）的概念，它们和PMF有什么关系？
如果膜蛋白具有对称性（cyto 和 extracellular side 很相似），或者在离子穿越方向加了周期性边界条件，可以认为是连续跨膜模型，那末referee是对的。
如果是这种情况的话， nonergodicity problem 是说你的sampling还远不够，许多平衡构象没有sample到，在每一个sampling ABF window，应当sample更长的时间 。建议你做一个长时间的sampling，看看ABF 算出的力的平均值是否一致。如不一致，说明是nonergodicity problem， 你的sampling还不收敛。 : Originally posted by yuxiaolin at
如果膜蛋白具有对称性（cyto 和 extracellular side 很相似），或者在离子穿越方向加了周期性边界条件，可以认为是连续跨膜模型，那末referee是对的。
如果是这种情况的话， nonergodicity problem 是说你的samp ... 没太明白，“做一个长时间的sampling”是否是要重新做几遍计算？不想这样，因为这个算了好几个月，如果重来一遍没有这个时间了。
请问有什么补救的办法？ : Originally posted by yuxiaolin at
如果膜蛋白具有对称性（cyto 和 extracellular side 很相似），或者在离子穿越方向加了周期性边界条件，可以认为是连续跨膜模型，那末referee是对的。
如果是这种情况的话， nonergodicity problem 是说你的samp ... 我知道这样不太好，先给150金币，已经追加金币数量，希望您能帮我解决这个问题。万分感谢:hand::hand::hand: 自己再顶一下。 金币多少没有关系，如果一些建议能够对你的问题有所帮助，那就很好了。
还是建议你先选几个自由能变化较大的windows（比如在你的图中：0 to -5 angstrom）或者是你认为有可能出错的windows（像-40 to -45）sample更长的时间。
如果没有大的变化， 可以借此新的数据回复编辑和审稿人说明不是&&nonergodicity problem。
但是你就必须说明为什么PMF不对称，例如膜两侧的物理几何环境不相同。你还可以把起始和终止的结构（比如 r =-49 和 35的结构），即膜两侧的结构（但必须是平衡结构）拿出来计算能量，如果能量平均值有较大区别，比fluctuation大，说明不对称是对的。
如果是对称的，仔细检查一下数据处理是否正确。否则的话，那是一定要做更多simulations。
希望这些有用。 ABF这个方法额...我觉得还不如自己设置window做umbrella sampling，这种智能的东西不一定靠谱。ABF在high potential的地方sampling可能不够。
你说你这个算了几个月...排除服务器太慢，按理在不平衡说不过去了 : Originally posted by yuxiaolin at
金币多少没有关系，如果一些建议能够对你的问题有所帮助，那就很好了。
还是建议你先选几个自由能变化较大的windows（比如在你的图中：0 to -5 angstrom）或者是你认为有可能出错的windows（像-40 to -45）sampl ... 感谢您的热心帮助，关于PMF不对称的原因，我又有了一个新的想法，或者说是疑问。
又开了个帖子，有空帮忙看一下。下面是地址
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=5719730&page=1#pid2 请问楼主，在计算PMF的时候，如果pullcode设置的是direction， 怎么g_wham时给定方向呢？困惑好久了，还望不吝赐教~:hand: : Originally posted by 明月照清渠 at
请问楼主，在计算PMF的时候，如果pullcode设置的是direction， 怎么g_wham时给定方向呢？困惑好久了，还望不吝赐教~:hand: 本人用的是NAMD中的ABF模拟pmf。g_wham应该使用gromacs算的吧，没用过，爱莫能助。 : Originally posted by lyfxie8607 at
本人用的是NAMD中的ABF模拟pmf。g_wham应该使用gromacs算的吧，没用过，爱莫能助。... 哦，谢谢哦~
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